Perpustakaan Digital ITB

Melittin adalah peptida antimikroba yang banyak dipelajari dan unik yang mana memiliki merupakan komponen utama dari racun lebah namun mempunyai senyawa aktif yang bersifat terapeutik. Melittin untuk melakukan fungsi antimikrobanya lebih memilih berada dalam kondisi tertentu pada membran. Dalam penelitian ini, mensimulasikan melittin dalam orientasi horisontal terhadap permukaan membran dan orientasi vertikal pada keadaan transmembran dengan kondisi setengah struktur peptide berada di dalam dan luar membrane. Free energy diperoleh dengan menghitung PMF pada tiap orientasi peptida untuk menilai orientasi yang paling minimum yang menunjukkan struktur stabilnya dari peptida ini yang berinteraksi dengan lipid bilayer. Pengambilan umbrella sampling dilakukan untuk mendapatkan jendela sampling yang digunakan dalam mengamati perubahan free energy sepanjang koordinat reaksi. Dari simulasi, ditemukan bahwa melittin dalam orientasi vertikal pada keadaan transmembran memiliki nilai free energy yang lebih kecil daripada orientasi horisontal, yaitu masing-masing sebesar -4,01 kcal/mol dan -3,98 kcal/mol yang menunjukkan bahwa melittin lebih menguntungkan dalam konfigurasi orientasi vertikal. Namun karena selisih nilai energi pada orientasi horisontal dan vertikal yang tidak terlalu besar. Hasil ini mengasumsikan peptida ini akan menjalani proses reorientasi dari orientasi vertikal ke orientasi horisontal di permukaan membran untuk melakukan tindakan antimikrobanya.