Perpustakaan Digital ITB

Kunyit (Curcuma longa L.) merupakan tanaman dengan potensi nilai ekonomi yang tinggi di Indonesia, namun produktivitas dan daya saing kunyit Indonesia pada level domestik dan internasional relatif rendah sehingga diperlukan pengembangan varietas kunyit baru dengan sifat unggul. Pemuliaan molekuler berbasis penanda (marker assisted selection) diperlukan untuk mendapatkan varietas unggul dengan memperbaiki sifat seperti peningkatan hasil dan kandungan kurkumin yang tinggi. Informasi tentang penanda molekuler yang akurat dapat diperoleh dari genom dengan kualitas tinggi. Perakitan draf genom telah dilakukan dengan sekuensing berbasis short reads pada penelitian sebelumnya, namun kualitas draf genom masih harus ditingkatkan. Penelitian ini bertujuan untuk memperoleh draf genom kunyit menggunakan sekuensing berbasis long reads dan membandingkannya dengan hasil sekuensing berbasis short reads untuk mendapatkan informasi genom dengan kualitas lebih tinggi. Genom kunyit disekuensing menggunakan sekuensing berbasis long reads (PromethIon, Oxford Nanopore, UK) menghasilkan draf genom berukuran 368 Mpb dengan N50 sebesar 12 Mpb, persentase BUSCO 94,1%, dan basa N sebanyak 429 ribu pasang basa. Perakitan genom berbasis long reads menghasilkan total ukuran genom yang serupa, namun dengan jumlah basa N yang lebih rendah, dan persentase BUSCO yang lebih tinggi dibandingkan short reads yang menghasilkan draf genom berukuran 368 Mpb dengan N50 sebesar 14 Mpb, persen BUSCO 74,5%, dan basa N sebanyak 79 Mpb. Perakitan genom berbasis long reads dapat menghasilkan draf genom dengan definisi yang tinggi. Hasil penelitian ini dapat dimanfaatkan sebagai referensi untuk konstruksi database marka molekuler SNP pada penelitian selanjutnya.