Perpustakaan Digital ITB

Dolutegravir adalah salah satu obat lini pertama yang digunakan dalam terapi pasien HIV. Namun, penelitian terkini menunjukkan adanya variasi respon obat terhadap pasien yang memiliki UGT1A1*28 dan UGT1A1*6, sehingga timbul urgensi untuk mengembangkan metode deteksi terhadap variasi genetik tersebut. Penelitian ini bertujuan untuk menentukan kondisi optimal dan validasi metode PCR-sekuensing Sanger untuk mendeteksi varian UGT1A1*28 dan UGT1A1*6. Desain primer dilakukan secara in silico menggunakan Primer-BLAST dan OligoAnalyzer. Optimasi suhu penempelan primer dilakukan dengan menjalankan PCR pada gradien suhu 58°C, 60°C, 62°C, dan 64°C. Hasil menunjukkan primer optimal pada suhu penempelan 60°C. Validasi metode PCR-sekuensing Sanger yang dilakukan pada penelitian ini hanya mencakup spesifisitas PCR, sensitivitas PCR-sekuensing, dan uji ketangguhan PCR karena keterbatasan jumlah sampel dan kontrol positif yang dimiliki. Spesifisitas PCR dilakukan dengan analisis in silico dengan Primer-BLAST dan analisis hasil elektroforesis gel agarosa. Hasil menunjukkan primer spesifik pada daerah target DNA yang diinginkan. Validasi sensitivitas dilakukan dengan menjalankan PCR-sekuensing Sanger dengan 6 seri dilusi cetakan DNA selama 8 replikasi. Hasil menunjukkan batas deteksi pada sampel cetakan DNA 0,1 ng. Uji ketangguhan PCR dilakukan dengan menjalankan PCR dengan 4 kombinasi parameter yang divariasikan. Metode PCR dinilai tangguh karena dapat bertahan pada variasi parameter yang diberikan. Metode PCR-sekuensing Sanger telah dioptimasi dan divalidasi untuk deteksi UGT1A1*28 dan UGT1A1*6.