Perpustakaan Digital ITB

Diagnosis virus Zika (ZIKV) sangat penting mengingat ZIKV diasosiasikan dengan penyakit lainnya seperti sindrom Guillain-Barre dan mikrosefalus. Kemiripan genom ZIKV dengan DENV menyebabkan diagnosis ZIKV cukup rentan terhadap cross-reactivite antibodi. Protein E diketahui merupakan antigenic marker dan berperan dalam patogenesitas infeksi ZIKV. Penggunaan multiepitop dalam diagnosis serologi mampu meningkatkan potensi pengenalan antibodi spesifik ZIKV. Pada penelitian ini dilakukan desain multiepitop dan analisis docking terhadap antibodi spesifik ZIKV, DENV, dan cross-reactive antibodi secara in-silico. Terdapat beberapa tahapan metode yang dilakukan yaitu pembuatan pohon filogenetik, pengambilan sekuens protein E ZIKV, seleksi epitop, desain multiepitop dengan linker, dan analisis docking multiepitop dengan antibodi spesifik ZIKV, spesifik DENV, dan cross-reactive antibodi menggunakan ClusPro. Sekuens protein E ZIKV yang digunakan merupakan sekuens dari ZIKV strain JMB-185. Dipilih tiga epitop E1, E2, dan E3 yang secara berurutan berasal dari daerah protein EDII dan EDIII. Diperoleh empat model multiepitop M1, M2, M3, M4 yang merupakan kombinasi 2-3 epitop dengan linker. Hasil analisis docking dengan ClusPro menunjukkan model multiepitop M1 dan M2 berinteraksi sangat baik terhadap antibodi spesifik ZIKV yaitu ZV48 dengan nilai energi ikat terendah sebesar -560.3 dan -589.8 kkal/mol secara beturut-turut. Model M3 dan M4 berinteraksi sangat baik dengan antibodi spesifik ZIKV yaitu ZV64 dengan nilai energi ikat -561.5 dan -698.8 kkal/mol secara beturut-turut. Adapun antibodi ZV48 dan ZV64 mengenali epitop dari daerah EDIII yang mana model M2, M3, dan M4 mengandung epitop dari daerah EDIII sedangkan model M1 tidak. Berdasarkan hasil visualisasi dengan PyMOL, model M1 dan M2 mengenali antibodi ZV48 melalui interaksi epitop E2 dan E1 dari daerah EDII yang diduga merupakan hasil positif palsu. Adapun model M3 dan M4 mengenali antibodi ZV64 melalui interaksi epitope E3 dari daerah EDIII yang diketahui merupakan bagian dari footprint ZV64 sehingga direkomendasikan.