Perpustakaan Digital ITB

Infeksi Virus Hepatitis B (VHB) merupakan infeksi yang menyerang 240 juta orang di dunia, dan terbagi atas dua jenis yaitu akut dan kronis. Infeksi kronis VHB dapat berkembang menjadi sirosis maupun karsinoma hati. Pemantauan keberhasilan terapi untuk infeksi kronis VHB dapat dilakukan salah satunya dengan kuantifikasi titer berdasarkan kandungan DNA VHB. Penentuan jumlah DNA virus dapat dilakukan menggunakan metode quantitative Polymerase Chain Reaction (qPCR). Gen yang umumnya ditargetkan adalah gen c (core). Penelitian ini bertujuan untuk mengoptimasi metode qPCR agar dapat digunakan untuk penentuan kandungan DNA VHB dengan target gen x VHB. Tiga pasangan primer untuk gen x dirancang menggunakan program Primer3 dan berdasarkan publikasi yang ada. Urutan primer tersebut kemudian dianalisa dengan program PRaTo dan hasilnya menunjukkan nilai -6, -2 dan -4 untuk masing-masing pasangan primer. Konfirmasi ukuran produk PCR dilakukan dengan PCR konvensional menggunakan ketiga pasang primer dan hasilnya menunjukkan bahwa amplikon yang dihasilkan sesuai dengan dengan ukuran teoritisnya. Pasangan primer tersebut kemudian digunakan dalam qPCR untuk penentuan efisiensinya. Dari ketiga pasang primer, hanya ada satu pasang primer yang memiliki nilai efisiensi yang baik, yaitu 2,02. Pasangan primer dengan efisiensi yang memenuhi syarat kemudian digunakan untuk menganalisa sampel DNA yang telah diketahui kandungan. Hasil analisa sampel DNA dengan kandungan DNA VHB 109 IU/ml yang diencerkan secara berseri menunjukkan kurva titer terhadap nilai Ct yang linear pada kandungan DNA VHB 105 – 109 IU/ml. Namun, hasil analisa beberapa sampel dengan kandungan DNA VHB variatif yang telah diketahui menunjukkan nilai Ct yang tidak sesuai dengan kandungan DNA VHBnya. Kesimpulan penelitian ini adalah bahwa metode qPCR untuk penentuan kandungan DNA VHB dengan gen X sebagai target belum optimal untuk digunakan, namun dapat dikembangkan lebih lanjut untuk kuantifikasi DNA VHB dengan kandungan tinggi.