Perpustakaan Digital ITB

Laut adalah bioma yang mencakup banyak habitat dengan karakteristik yang khas. Salah satunya adalah Selat Makassar yang merupakan jalur Arus Lintas Indonesia dan berpotensi menjadi sumber diversitas bakteri laut yang tinggi. Psychrobacter adalah salah satu spesies bakteri yang berhasil diisolasi dari Selat Makassar. Penelitian karakterisasi genom bakteri Psychrobacter dari Selat Makassar masih terbatas, sehingga penelitian ini bertujuan untuk merakit dan menentukan karakteristik genom Psychrobacter celer isolat Selat Makassar serta mengeksplorasi potensi metabolit sekundernya. Kualitas data sekuensing nanopore dari isolat dianalisis, kemudian bacaan berkualitas rendah disaring untuk mendapatkan subset data dengan distribusi kualitas dan panjang bacaan yang lebih merata. Bacaan yang sudah disaring digunakan untuk merakit genom. Kualitas hasil perakitan genom dievaluasi dari segi tingkat kelengkapan dan kontaminasi berdasarkan marker genes. Jarak kedekatan genom Pyschrobacter celer isolat Selat Makassar dengan spesies Psychrobacter lain dihitung serta hasilnya dikonfirmasi melalui konstruksi pohon filogenetik. Genom Psychrobacter celer isolat Selat Makassar dianotasi dan karakteristiknya diekstraksi. Data karakterisitik genom kemudian dipetakan dalam bentuk genome map. Tipe pangenom genus Psychrobacter dianalisis untuk menentukan variabilitas genetiknya. Pencarian genomic island dan klaster gen biosintetik dilakukan untuk mengeksplorasi metabolit sekunder dari isolat. Hasil perakitan menghasilkan high-quality draft genom berukuran 2.9 Mbp dengan tingkat kelengkapan 98.21% dan kontaminasi 1.69%. Identifikasi spesies dikonfirmasi oleh nilai ANI dan GGDC yang konsisten dengan konstruksi filogenetik. Karakterisasi umum genom beserta dengan anotasi Cluster of Orthologous Group (COG) berhasil dipetakan dalam bentuk genome map. Genus Psychrobacter merupakan tipe open pangenome. Terdapat 13 genomic island dan 2 klaster gen biosintetik metabolit sekunder pada genom Psychrobacter celer isolat Selat Makassar. Klaster gen beta-lakton menunjukkan potensi sebagai prototipe senyawa antibiotik, sementara itu klaster gen terpena berpotensi memproduksi GGDP sebagai senyawa prekursor diterpena dan diterpenoid. Temuan ini mengindikasikan Psychrobacter celer isolat Makassar sebagai sumber produk alami baru, khususnya di bidang kesehatan.