Perpustakaan Digital ITB

Infeksi dengue (DENV) merupakan penyakit endemik di Indonesia dengan gejala klinis yang sering menyerupai infeksi Arbovirus lain seperti Flavivirus dan Alphavirus. Rapid test NS1 umum digunakan untuk deteksi awal dengue, namun sensitivitasnya menurun setelah hari ke-7 infeksi, sehingga diperlukan konfirmasi dengan metode molekuler, seperti RT-qPCR. Penelitian ini bertujuan mengidentifikasi patogen pada pasien suspek dengue dengan hasil NS1 negatif dan gejala atipikal, mengevaluasi manifestasi klinis pada pasien anak (0–12 tahun) dan dewasa (>12 tahun), serta melakukan analisis filogenetik virus yang ditemukan pada pasien. Sebanyak 205 sampel serum diuji menggunakan RT-qPCR yang menargetkan gen NS5 (pan-flavivirus) dan E1 (CHIKV). Gen NS5 dipilih karena konservatif di domain MTase dan RdRp antar Flavivirus dengan variasi lokal pada interdomain linker, sementara gen E1 dipilih karena konservatif antar genotipe CHIKV.Ditemukan RNA pan-flavivirus pada 1 pasien, CHIKV pada 50 pasien, dan keduanya pada 5 pasien. Analisis risiko relatif (RR) menunjukkan bahwa gejala manifestasi perdarahan dan ruam lebih dominan pada pasien anak +RT-qPCR pan-flavivirus, sementara nyeri otot, sakit kepala, manifestasi perdarahan lebih dominan pada pasien anak, serta mual/muntah dan ruam pada pasien dewasa +RT-qPCR CHIKV. Infeksi sampel pada kultur sel Vero CCL-81 menunjukkan CPE pada salah satu sampel yang dikonfirmasi positif CHIKV melalui RT-qPCR, dan 18 sampel dengan CPE tidak jelas disubkultur ulang. Terindikasi adanya peningkatan viral load terdeteksi pada salah satu supernatan hasil subkultur, serta indikasi infeksi CHIKV pada satu sampel lainnya yang sebelumnya hanya positif pan-flavivirus. Sepuluh sampel dikirim untuk sekuensing sebagai perwakilan sampel positif RT-qPCR. Empat sampel menunjukkan kemiripan NS5 dengan DENV-3 melalui BLAST, namun hanya dua membentuk contig utuh, dan 3 sampel sesuai dengan sekuens E1 CHIKV, dengan satu di antaranya berhasil dirakit menjadi contig lengkap. Ketiga contig menunjukkan kekerabatan kedua sekuens NS5 dengan DENV-3 genotipe III dan sekuens E1 dengan CHIKV genotipe Asia yang beredar di Asia Tenggara. Analisis mutasi menunjukkan adanya perubahan non-sinonim pada domain RdRp dan E1 yang berpotensi memengaruhi fungsi protein. Penelitian ini menunjukkan dominasi infeksi CHIKV pada kasus dengue NS1-negatif, serta mendukung metode deteksi molekuler untuk kasus infeksi virus.