Ekosistem padang lamun memiliki potensi tinggi dalam menyerap dan menyimpan karbon untuk memitigasi perubahan iklim. Salah satu kawasan dengan padang lamun yang luas dan beragam adalah Taman Nasional Laut Kepulauan Seribu, DKI Jakarta. Padang lamun di Kepulauan Seribu dapat ditemukan tumbuh berdekatan dengan mangrove, maupun pada pulau yang tidak terdapat ekosistem mangrove. Penelitian ini bertujuan untuk mengestimasi simpanan karbon padang lamun pada tiga pulau di Kepulauan Seribu dengan kondisi mangrove yang berbeda. Tiga pulau tersebut terdiri dari Pulau Pramuka dan Pulau Panggang yang memiliki luasan mangrove berbeda, serta Pulau Kotok yang tidak terdapat ekosistem mangrove. Luasan padang lamun diperkirakan menggunakan analisis spasial dengan data satelit Sentinel-2A dengan klasifikasi unsupervised. Pengambilan data biotik lamun dilakukan menggunakan transek dan plot kuadrat. Komunitas lamun di tiap pulau dideskripsikan berdasarkan Indeks Nilai Penting (INP) spesies. Simpanan karbon biomassa dan sedimen dihitung dengan metode pengabuan (loss on ignition/LOI). Luas mangrove di Pulau Panggang diperkirakan 1,19 ha lebih luas dibandingkan Pulau Pramuka. Secara keseluruhan ditemukan enam spesies lamun dari ketiga pulau. Pada Pulau Pramuka dan Pulau Panggang, komunitas lamun yang teramati adalah Thalassia-Enhalus sementara komunitas pada Pulau Kotok adalah Halodule-Thalassia. Simpanan karbon pada Pulau Pramuka terukur sebesar 46,3 g C m-2 dalam AGB (above ground biomass), 125,7 g C m-2 pada BGB (below ground biomass) dan 6444 g C m-2 pada sedimen dengan kedalaman 20cm. Pada Pulau Panggang simpanan karbon dalam AGB terukur sebesar 37,7 g C m-2, dalam BGB sebesar 119,8 g C m-2, dan 6762 g C m-2 dalam sedimen. Pada Pulau Kotok simpanan karbon dalam AGB terukur sebesar 28,5 g C m-2, dalam BGB sebesar 24,4 g C m-2, dan 4405 g C m-2 dalam sedimen. Hasil uji signifikansi pada simpanan karbon antar pulau menunjukkan perbedaan signifikan (p<0,05) pada simpanan karbon dalam sedimen. Uji lanjutan menunjukkan perbedaan signifikan antara Pulau Panggang dan Pulau Kotok (p<0,05) dan antara Pulau Pramuka dan Pulau Kotok (p<0,05). Hasil tersebut mengindikasikan bahwa keberadaan ekosistem mangrove memengaruhi simpanan karbon dalam sedimen padang lamun; simpanan karbon sedimen lebih besar pada pulau yang memiliki ekosistem mangrove. Jika dijumlahkan, maka total karbon di Pulau Pramuka diperkirakan sebesar 0,73GgC, Pulau Panggang 1,12GgC, dan Pulau Kotok 0,27GgC.