Thraustochytrid, yang dikenal sebagai protista laut heterotrofik, khususnya Schizochytrium limacinum menjadi organisme yang menarik perhatian dalam pengembangan bioteknologi karena kemampuannya untuk mengakumulasi lipid secara alami, utamanya dalam bentuk PUFA. Dalam kondisi teroptimasi, kandungan lipid yang dihasilkan S. limacinum dapat mencapai 30-50% dari berat keringnya. Untuk memproduksi lipid tersebut, diperlukan perhatian terhadap sejumlah faktor yang dapat mempengaruhi tingkat produksi biomassa dan lipid pada S. limacinum, salah satunya sumber karbon pada media pertumbuhan yang digunakan. Pada penelitian ini, gula merah kelapa sawit yang terdiri dari berbagai komponen gula digunakan sebagai alternatif sumber karbon yang mendukung pertumbuhan S. limacinum serta diyakini dapat meningkatkan nilai efisiensi dari segi ekonomi untuk bersaing dengan organisme penghasil lipid lainnya. Selain sumber karbon, faktor lingkungan lainnya seperti salinitas media diketahui dapat mempengaruhi produksi biomassa dan lipid oleh S. limacinum sehingga penelitian ini bertujuan untuk menentukan konsentrasi salinitas media yang optimum terhadap produktivitas biomassa dan lipid pada kultivasi S. limacinum dalam media gula merah kelapa sawit. Penelitian ini dilakukan dengan mengkultivasi S. limacinum pada media gula merah kelapa sawit menggunakan tiga variasi konsentrasi salinitas media, yaitu 1%, 3%, dan 5% (b/v) dengan kondisi inkubasi pada suhu ruang, pH awal 5-6, agitasi 150 rpm, dan konsentrasi inokulum awal 10% (v/v) selama 120 jam. Pemanenan biomassa setiap 12 jam dilakukan untuk membuat kurva tumbuh dari S. limacinum. Lipid kemudian diektraksi dari biomassa kering berdasarkan metode Weibull-Stoldt menggunakan pelarut n-heksana. Produktivitas biomassa S. limacinum tertinggi (0,187 ± 0,024 g/L.hari) didapatkan pada variasi salinitas 3% (b/v). Hasil fraksi lipid (37,30% (b/b)), total lipid (0.497 g/L) dan produktivitas lipid (0.105 g/L.hari) tertinggi didapatkan pada variasi salinitas 3% (b/v). Melalui analisis statistika one-way ANOVA, variasi salinitas yang digunakan tidak memberikan perbedaan secara signifikan terhadap produktivitas biomassa (p-value > 0,05). Kesimpulan dari penelitian ini adalah variasi salinitas 3% (b/v) memberikan produktivitas biomassa dan lipid tertinggi pada kultivasi S. limacinum dalam gula merah kelapa sawit.