digilib@itb.ac.id +62 812 2508 8800

META-ANALYSIS DATA RNA-SEQUENCING PADA PASIEN COVID-19 BERGEJALA PARAH YANG DIBERIKAN PERLAKUAN DEKSAMETASON

Penulis : Adam Rizky Irfansyah [20620012]
Kontributor / Dosen Pembimbing :
  • Prof. Dr. rer. nat. Marselina Irasonia Tan, M.S.
  • Dr. apt. Aluicia Anita Artarini, S.Si., M.Sc.,.
  • Husna Nugrahapraja, S.Si., M.Si., Ph.D.
Jenis Koleksi : Tesis
Penerbit : Biologi
Fakultas : Sekolah Ilmu dan Teknologi Hayati
Subjek :
Kata Kunci : COVID-19, hiperinflamasi, imunomodulator, kortikosteroid, RNAsequencing, SARS-CoV-2, tingkat keparahan
Sumber :
Staf Input/Edit : Irwan Sofiyan  
File : 1 file
Tanggal Input : 13 Agu 2024

Keparahan gejala COVID-19 diasosiasikan dengan disregulasi respons imun bawaan dan adaptif yang direpresentasikan oleh hyperinflammatory response dan cytokine storm. Fenomena ini dikarakterisasikan dengan pelepasan berkepanjangan sitokin dan kemokin proinflamatori serta mediator imun lainnya secara tidak terkendali akibat infeksi SARS-CoV-2. Selanjutnya, progresi terjadi menuju ARDS, diikuti oleh kegagalan multiorgan dan kematian. Deksametason kemudian dipilih sebagai salah pengobatan pada pasien COVID-19 bergeja parah karena mampu menurunkan laju mortalitas, namun penggunaannya terbatas pada kondisi tertentu dan terindikasi dapat memperburuk kondisi pasien hingga menyebabkan kematian. Melalui meta-analysis data transkriptomik bulk RNA-seq, penelitian ini bertujuan untuk mengetahui gene signature pada pasien COVID-19 bergejala parah yang memperoleh perlakuan deksametason. Meta-analysis dilakukan pada 2 penelitian (GSE206264 dan GSE227585) menggunakan metode Fisher’s dan inverted normal menunjukkan terdapat 406 gen mengalami perubahan ekspresi gen secara signifikan akibat pengaruh deksametason (FDR = 0.05, lfc ? 2). Meta-analysis menunjukkan bahwa deksametason memengaruhi regulasi ekspresi gen pada pasien COVID-19 bergejala parah dengan menurunkan ekspresi pada 75 gen dan menaikkan ekspresi pada 108 gen. Gene signature yang teridentifkasi mengalami penurunan ekspresi akibat perlakuan deksametason meliputi ISG15 (lfc = - 3.18831971), RSAD2 (lfc = -3.10198007), USP18 (lfc = - 2.857152), CARD17P (lfc = - 2.73849690), IFI44L (lfc = -2.6045443), OAS3 (lfc = -2.56874714), IFIT1 (lfc = -2.54700652), IFIT3 (lfc = -2.405630), IFIT2 (lfc = -2.391384), dan SERPING (lfc = - 2.36434415). Perubahan ekspresi gen yang teridentifkasi meliki keterkaitan dengan beberapa proses biologis termasuk respons pertahanan terhadap virus, respons pertahanan terhadap simbion, respons terhadap virus, respons pertahan terhadap organisme lain, respons terhadap stimulus biotik. Kesimpulan yang diperoleh dari penelitian ini adalah perlakuan deksametason menunjukkan peran imunomodulator dengan menekan pensinyalan interferon yang memengaruhi regulasi beberapa interfeon stimulated genes yang berperan dalam mekanisme antivirus. Mekanisme ini kemudian mampu meredakan respons inflamasi pada pasien COVID-19 bergejala parah

Artikel Terkait