Biofilter merupakan salah satu komponen penting dalam teknologi akuakultur tertutup RAS (Recirculating Aquaculture System) yang berfungsi untuk mempercepat laju degradasi amonium dan nitrit dalam air budidaya. Jenis biofilter yang sering digunakan adalah Submerged Biofilter. Jenis biofilter ini menyediakan media filter yang berfungsi sebagai media imobilisasi bakteri nitrifikasi dalam pembentukan biofilm. Proses degradasi amonium dan nitrit dilakukan oleh bakteri nitrifikasi yang meliputi Ammonium Oxidizing Bacteria (AOB) dan Nitrite Oxidizing Bacteria (NOB) dalam bentuk biofilm dalam media filter. Laju nitrifikasi sangat dipengaruhi oleh aktivitas bakteri nitrifikasi dan pengaruh faktor lingkungan, seperti suhu air biofilter. Penelitian ini dilakukan untuk mengetahui laju nitrifikasi biofilter dan menganalisis keanekaragaman mikroba pada tiga suhu yang berbeda: 15ºC, 25ºC dan 35º C. Penelitian dilakukan melalui beberapa tahapan sebagai berikut: (1) Kultivasi dan aktivasi bakteri nitrifikasi, (2) Instalasi biofiter, (3) Pengaturan Eksperimen, (4) Pengukuran laju nitrifikasi, (5) Analisis alkalinitas, (6) Enumerasi mikroba dengan metode Total Plate Count (TPC), (7) Analisis Scanning Electron Microscopy (SEM) (9) Analisis data menggunakan metode Kruskal Wallis, Program R. Penelitian dilakukan selama periode 15 hari. Bedasarkan analisis dengan metode Kruskal Wallis menggunakan program R diketahui bahwa laju degradasi dari ketiga perlakuan tidak berbeda secara signifikan (p – value = 0.774). Meskipun demikian, persentasi laju degradasi amonium tertinggi sebesar 33,40% dengan jumlah ammonium yang didegradasi sebesar 6,8 ppm/hari dijumpai pada suhu 25ºC, sedangkan pada suhu 15ºC mencapai 29,33% yaitu sebesar 6,6 ppm/hari dan suhu 35º C mencapai 27,07% dengan laju degradasi 6,3 ppm/hari. Hasil analisis komunitas mikroba menunjukkan bahwa dinamika dan kelimpahan isolat bakteri nitrifikasi tertinggi ditemukan pada suhu 25°C. Kemudian, analisis Scanning Electron Microscopy (SEM) juga menunjukkan adanya agregat dari hasil flokulasi bakteri yang menandakan terbentuknya biofilm dari aktivitas bakteri nitrifikasi. Selain itu, dilakukan uji alkalinitas untuk mengetahui gambaran kapasitas basa pada tangki biofilter. Hasil uji alkalinitas dengan metode titrasi menggunakan Alkalinity Test Kit Mercks menunjukkan nilai tertinggi terjadi pada perlakuan suhu 15?C yaitu sebesar 132?0.29 yang menandakan pH pada tangki biofilter ini lebih stabil dibandingkan dengan kedua suhu. Selanjutnya, diikuti dengan nilai alkalinitas pada perlakuan 35?C yaitu 113?0.19 dan paling rendah ditunjukkan pada perlakuan suhu 25?C yang hanya berkisar 107?0.29. Kadar alkalinitas menyediakan Ion Bikarbonat HCO3 yang dimanfaatkan oleh bakteri nitrifikasi dalam pembentukan biomassa, sehingga semakin tinggi aktivitas bakteri nitrifikasi maka semakin rendah nilai alkalinitas. Nilai alkalinitas tersebut membuktikan bahwa aktivitas bakteri nitrifikasi yang paling tinggi berada pada suhu 25°C. Uji tersebut juga didukung oleh hasil uji indeks dominansi yaitu pada suhu 25°C lebih tinggi dan menunjukkan nilai indeks keragaman dan kestabilan yang lebih rendah. Hal ini dapat diasumsikan bahwa bakteri yang dominan pada suhu 25°C adalah kelompok bakteri nitrifikasi. Oleh karena itu, dapat disimpulkan bahwa pengaturan suhu 25°C pada tangki biofilter merupakan suhu yang baik untuk pertumbuhan bakteri nitrifikasi dan dapat mempercepat laju nitrifikasi pada submerged biofilter air laut.