Perpustakaan Digital ITB

Dua epidemi utama dalam kurun waktu 20 tahun terakhir yang disebabkan oleh CoV telah terjadi pada manusia yaitu SARS dan MERS. Kedua virus tersebut menginfeksi saluran pernapasan bagian bawah dan menyebabkan sindrom pernafasan yang parah pada manusia. Pada Desember 2019 muncul kasus pneumonia yang tidak diketahui penyebabnya di kota Wuhan, China. Penyakit tersebut kemudian disepakati dengan nama Covid-19. Corona Virus Disease (COVID-19) adalah penyakit infeksi yang disebabkan oleh virus Covid-19. Virus ini termasuk ke dalam famili SARS (Severe Acute Respiratory Syndrome) dan diklasifikasikan sebagai SARS-CoV-2. Obat spesifik untuk pengobatan Covid-19 belum ditemukan hingga saat ini, beberapa senyawa kandidat masih dalam tahap uji praklinis atau klinis. Pengembangan bahan alam dapat menjadi alternatif pencegahan dan terapi terhadap penyakit Covid19. Propolis dilaporkan memiliki efek antivirus dan efek penghambatan pada jalur pensinyalan ACE2, TMPRSS2 dan PAK1. Penelitian ini bertujuan untuk memprediksi senyawa kandidat dalam propolis yang dapat dijadikan sebagai inhibitor virus SARS-CoV-2 dan prediksi toksisitasnya. Protein yang digunakan dalam penelitian ini yaitu main protease (Mpro) dari virus SARS-CoV (PDB ID : 2ZU5), SARS-CoV Papainlike protease (Plpro) (PDB ID : 4OW0) dan Macrodomain SARS-CoV-2 (NSP3) (PDB ID : 6WOJ). Senyawa kandidat dioptimasi dengan perangkat lunak GaussView 5.0 dan Gaussian 09W. Metode penambatan divalidasi dengan menambatkan kembali ligan alami ke struktur protein target, kemudian senyawa uji ditambatkan pada protein target dengan metode yang sudah tervalidasi menggunakan AutoDock Tools 1.5.6. Hasil penambatan kemudian dianalisis menggunakan Discovery Studio Visualizer untuk menentukan interaksi ligan uji dengan residu asam amino pada protein target. Prediksi toksisitas dilakukan dengan menggunakan program Toxtree dan Vega. Senyawa uji yang diprediksi menjadi kandidat inhibitor berdasarkan residu asam amino dan energi ikatan yaitu myricetin dengan energi ikatan -8,83 Kcal/mol pada main protease (Mpro) SARS-CoV, pinocembrin dengan energi ikatan -5,58 Kcal/mol pada SARS-CoV Papain-like protease (Plpro) dan hesperetin dengan energi ikatan -7,29 Kcal/mol pada Macrodomain SARS-CoV-2 (NSP3). Pembanding yang digunakan dalam penelitian ini yaitu remdesivir, lopinavir, chloroquine, dan hydroxychloroquine. Toksisitas myricetin, pinocembrin dan quercetin diprediksi rendah berdasarkan parameter Kroes TTC Decision Tree dan tinggi berdasarkan parameter Cramer Rules. Berdasarkan prediksi toksisitas menggunakan Vega, senyawa myricetin, quercetin dan pinocembrin diprediksi memiliki toksisitas akut dan kronis sedang.