Wilayah Indonesia merupakan wilayah kepulauan yang dipengaruhi banyak fenomena interaksi laut – atmosfer, diantaranya fenomena Madden Julian Oscillation (MJO). MJO merupakan fenomena interaksi laut – atmosfer yang terjadi di sepanjang ekuator dengan ditandai adanya konveksi kuat yang menjalar dari Samudra Hindia menuju Samudra Pasifik. Kejadian MJO identik dengan hujan lebat yang dapat memengaruhi parameter laut seperti Sea Surface Temperature (SST) dan dapat terjadi sebaliknya. Studi ini terfokus pada analisis karakteristik MJO dan pengaruhnya terhadap kondisi SST di Perairan Indonesia. Data yang digunakan adalah data Outgoing Longwave Radiation (OLR), SST, Real-multivariate MJO (RMM) atau Indeks RMM, dan angin 850 hPa dari tahun 1988 – 2017. Metode yang digunakan adalah analisis spektrum energi, metode zero down crossing, diagram Hovmöller, dan analisis wavelet untuk meninjau hubungan antara MJO, SST, dan Angin 850 hPa.
Hasil dari analisis spektrum energi Indeks RMM tahun 1988 – 2017 memiliki skala waktu intraseasonal 55 - 109 hari dengan periode dominan 97 hari. Analisis spektrum energi OLR tahun 1988 – 2017 terdapat variasi intraseasonal yang salah satunya disebabkan oleh fenomena MJO dengan periode 30-100 hari. Namun terdapat energi yang dominan lainnya dengan periode 182 hari, 365 hari, dan 540 hari. Analisis penjalaran anomali OLR dengan metode zero down crossing mendapatkan 274 kejadian anomali negatif OLR yang menjalar ke timur dan 33,9% (93 dari 274) termasuk kejadian MJO. Dari 93 kejadian MJO tersebut terbagi menjadi dua kriteria yaitu Maritime Continent Crossing (MC-C) dan Maritime Continent Non-Crossing (MC-NC). Kejadian MC-C terjadi 80,6% (75 dari 93) dan MC-nC terjadi 19,3 % (18 dari 93) dari tahun 1988 – 2017. Terdapat variasi intraseasonal dalam periode 64 – 120 hari dan 32 hari. Variasi intraseasonal di Selatan Pulau Jawa cenderung sefase, terjadi penurunan nilai OLR diikuti langsung dengan penurunan suhu atau tidak ada beda fase.Variasi intraseasonal di Barat Pulau Sumatra cenderung anti fase, terjadi peningkatan nilai SST 20 hari kemudian baru terjadi penurunan nilai OLR. Diduga terdapat pengaruh fenomena IOD dan ENSO terhadap penjalaran MJO yang perlu dikaji lebih lanjut.