Perpustakaan Digital ITB

Rotavirus merupakan virus penyebab utama gastroenteritis pada anak dan balita. Rotavirus dikelompokkan sebagai virus dari family Reoviridae, tidak memiliki envelope dengan materi genetik dsRNA. Sebanyak 11 dsRNA mengkode 6 protein struktural dan 6 protein nonstruktural. Protein struktural dari Rotavirus tersusun atas tiga lapisan, yaitu inti, dalam, dan luar. Lapisan inti tersusun atas 120 molekul protein VP2 dan sebagian kecil VP1 dan VP3. Lapisan dalam tersusun atas 780 molekul protein VP6 yang membentuk trimer. Lapisan paling luar tersusun atas VP4 dan VP7. Penelitian ini telah berhasil mengisolasi nukleotida pengkode protein penyusun triple layered Human Rotavirus strain RV4 yaitu VP2 (inti), VP6 (dalam), dan VP7 (luar) berhasil diisolasi dari Rotavirus RV4. VP2 (VP2LRV4) berhasil diisolasi dengan ukuran urutan pengkode (CDS) sebesar 2673 pb, VP6 (VP6LRV4) sebesar 1194 pb, dan VP7 (VP7LRV4) sebesar 981 pb. VP2LRV4 kemudian dikloning ke dalam vektor ekspresi sel mamalia yaitu pcDNA 3.1/CTGFP- TOPO sedangkan VP6LRV4 serta VP7LRV4 dikloning ke dalam vektor ekspresi pEF6/V5-His-TOPO. VP2LRV4, VP6LRV4, dan VP7LRV4 kemudian dianalisis urutan nukleotida dan asam amino hasil deduksi. Hasil BLAST menunjukkan bahwa VP2LRV4 memiliki kemiripan 99% dengan VP2 dari Rotavirus manusia G1P(8) yang ada di GenBank(gb|KC579893.1), VP6LRV4 memiliki kemiripan 98% dengan VP6 dari Rotavirus manusia G1P(8) yang ada di GenBank(gb|JN 258848.1) dan VP7LRV4 memiliki kemiripan 99% dengan VP7 dari Rotavirus manusia G1P(8) yang ada di GenBank(dbj|AB971568.1). Karakterisasi struktur protein (prediksi) dari VP2LRV4 menunjukkan domain yang diprediksi berperan dalam pembentukan struktur dimer pada VP2. VP6LRV4 menunjukkan struktur domain dan residu yang diprediksi berperan dalam pembentukan trimer pada VP6 yaitu residu domain ß (residu 1-150), domain H (residu 151-331) dan residu His-153. VP6LRV4 memiliki residu Leu65, 70, dan 71 yang diprediksi merupakan asam amino yang dapat berinteraksi dengan VP2 untuk membentuk Double Layer Particle (DLP). Residu penting ii lainnya pada VP6LRV4 yaitu Pro-279 dan Thr-281 yang diprediksi dapat berinteraksi dengan residu Pro-313 pada VP7LRV4. Analisis epitop juga dilakukan pada VP2LRV4, VP6LRV4, dan VP7LRV4. Asam amino “SLISGMWLL” pada VP2LRV4 diprediksi dikenali oleh CD8+ sel T. Asam amino “FQLMRPPNM” pada VP6LRV4 diprediksi dikenali oleh CD4+ sel T dan “TLLANVTAV” diprediksi dikenali oleh CD8+ sel T. Urutan asam amino VP7LRV4 yaitu “PTTNPQTERMMRVNWKKWWQV” diprediksi dikenali oleh sel B. Vektor ekspresi pcDNA/VP2, pEF/VP6, dan pEF/VP7 kemudian ditransfeksi dan di ko-transfeksi ke dalam sel mamalia (Vero). Analisis transkripsi diuji dengan RT-PCR dan ekspresi protein diuji dengan immunofluorescence Assay (IF). Ekspresi mRNA VP2 ditunjukkan dengan adanya larik dengan ukuran ±2690 pb pada hari ke-3 paska transfeksi sedangkan VP6 dan VP7 menunjukkan larik dengan ukuran yang sesuai pada hari ke-1 paska transfeksi. Hasil ko-transfeksi menunjukkan adanya ekspresi mRNA VP2 pada hari ke-4 paska ko-transfeksi. Ekspresi mRNA VP6 dan VP7 terdapat pada hari ke-3 hingga hari ke-5 paska kotransfeksi. Ekspresi protein VP6 dan VP7 ditandai dengan pendaran fluoresensi pada transfektan pada hari ke-1 hingga hari ke-5 paska transfeksi dan hari ke-3 hingga hari ke-5 paska ko-transfeksi. Analisis dengan TEM menunjukkan adanya partikel dengan ukuran ±80nm namun belum dapat dipastikan terbentuk VLP monolayer, DLP, atau TLP.