Virus Zika (ZIKV) adalah virus yang dapat menyebabkan mikrosefalus pada bayi dan diasosiasikan dengan sindrom Guillain-Barre pada orang dewasa. Kemiripan struktur dan genomnya dengan flavivirus lain membuat diagnosis ZIKV menjadi kurang akurat karena potensi cross-reactivity yang sangat tinggi, terutama dengan Virus Dengue. Konstruksi multiepitop dapat meningkatkan sensitivitas serta efektifitas diagnosis ZIKV dengan dipaparkannya beberapa epitop yang khusus dimiliki oleh ZIKV dalam waktu bersamaan. Oleh karena itu, tujuan penelitian ini adalah menentukan multiepitop sebagai kandidat antigen pada diagnosis ZIKV. Pemilihan kandidat epitop dianalisis dari protein E ZIKV menggunakan IEDB. Protein E ZIKV dipilih karena letaknya yang berada di permukaan ZIKV serta similaritas yang lebih rendah terhadap Virus Dengue. Dilakukan pula penjajaran sekuens protein E dengan 42 whole-genome galur-galur ZIKV yang telah diisolasi dan diperoleh kesamaan 95-100%. Dua epitop terpilih dari Protein E dikombinasikan dengan linker dan dianalisis solubilitasnya. Sekuens DNA pengkode kombinasi epitop dan linker dikonstruksi dan dimasukkan ke dalam vektor ekspresi pET-32b(+) untuk selanjutnya diekspresikan pada Escherichia coli BL21 (DE3). Ekspresi multiepitop dilakukan dengan variasi konsentrasi IPTG 0.01, 0.1, 0.5, 1, dan 1.5 mM dan dikonfirmasi dengan SDS-PAGE. Hasil menunjukkan multiepitop dapat terkonstruksi dari kombinasi 149SGMIVNDTGHETDENRAKVE168 dan 273LEAEMDGAKGRLS285 protein E ZIKV. Ekspresi multiepitop optimum diperoleh pada induksi konsentrasi IPTG sebesar 0.01 mM. Dari penelitian ini, diperoleh multiepitop dari protein E ZIKV untuk dijadikan sebagai kandidat antigen pada diagnosis ZIKV.