Penemuan terbaru menyebutkan adanya bakteri yang mampu melakukan dua tahap
nitrifikasi sekaligus, disebut sebagai comammox (complete ammonia oxidizer). Mengetahui
kelimpahan comammox dapat memberikan gambaran mengenai perannya di lingkungan
dan hubungannya dengan bakteri nitrifikasi lain. Selain itu kultivasi comammox juga akan
memudahkan studi karakteristik fisiologisnya. Data metagenomik menunjukkan
mikroorganisme tanah perkebunan kelapa sawit PT Astra Agro Lestari didominasi oleh
bakteri nitrifikasi. Diduga comammox juga berperan pada proses nitrifikasi di sana.
Penelitian ini bertujuan untuk mendeteksi kelimpahan dan mengisolasi bakteri comammox
pada tanah perkebunan PT Astra Agro Lestari. Kuantifikasi dilakukan dengan qPCR
absolut menggunakan marka gen ammonia monooxygenase subunit A (amoA). Deteksi
keberadaan comammox dilakukan dengan PCR, menggunakan primer spesifik amoA
comammox pada sampel tanah perkebunan PT Astra Agro Lestari. Dari hasil PCR
terdeteksi 7 pita berukuran 250bp-750bp yang kemudian disisipkan pada plasmid pGEM-T
Easy dan ditransformasikan pada E. coli DH5α. Hasil sekuensing menunjukkan 2 dari 7
pita positif DNA amoA comammox. Dari hasil sekuensing dibuat primer spesifik untuk
qPCR dan plasmid hasil kloning digunakan untuk membuat kurva standar qPCR dengan
dilusi 101-1010. Dari 23 sampel tanah yang dikuantifikasi, 16 terdeteksi adanya comammox
dengan kelimpahan tertinggi pada kode tanah PSKY-OB22 yaitu 1.17x108 copies/μl dan
terendah TPP-OA3 yaitu 1.56 copies/ μl. Data karakteristik tanah seperti pH, kandungan
mineral, dan C/N rasio tanah dianalisis PCA terhadap kelimpahan bakteri menggunakan
program XLSTAT, dan menunjukkan bahwa kelimpahan tertinggi ada pada tanah dengan
kandungan mineral tinggi dan terendah pada tanah yang cenderung berpasir. Penelitian
dilanjutkan dengan mengisolasi bakteri pada medium garam mineral serta dilakukan uji
lanjutan seperti pewarnaan Gram dan uji ammonium-nitrat. Didapatkan 1 dari 10 isolat
memiliki karakteristik mirip comammox yaitu Gram negatif, selnya berbentuk batang,
terdeteksi pita DNA untuk amoA dan nxrB, serta mampu menggunakan ammonium dan
mengakumulasi nitrat dalam skala laboratorium. Dari penelitian dapat disimpulkan bahwa
comammox turut berperan pada nitrifikasi di tanah perkebunan PT Astra Agro Lestari,
kelimpahannya cukup tinggi dan dipengaruhi oleh karakteristik tanah, serta comammox
mungkin untuk dikultivasi.