Perpustakaan Digital ITB

Jumlah penderita diabetes di Indonesia cukup tinggi dimana kebanyakan kematian penderita diabetes disebabkan oleh komplikasi terhadap penyakit kardiovaskular yang disebabkan oleh meningkatnya kadar kolesterol pada darah. Beberapa penelitian menunjukan bahwa kadar kolesterol darah dapat diturunkan dengan suplementasi ?-Karoten. Pisang tongka langit tinggi akan ?-Karoten, sehingga dapat menjadi sumber pangan untuk mencegah timbulnya penyakit diabetes. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi hubungan antara profil ekspresi gen yang berperan dalam sintesis kolesterol pada usus zebrafish yang diinduksi diabetes dengan suplementasi pisang tongka langit. Penelitian dilakukan dengan menganalisis hasil RNA-seq dari usus zebrafish dengan perlakuan kontrol (NL), overfeeding (OF) dan overfeeding dengan suplementasi dari pisang tongka langit (OFTL). Data bacaan dari RNA-sequencing dicek kualitas bacaannya dengan menggunakan program FastQC. Bacaan kemudian dipangkas dari adapter dan sekuen berkualitas rendah dengan menggunakan program Cutadapt agar didapatkan sampel yang bersih. Selanjutnya bacaan dipetakan dengan menggunakan program BWA ke genom referensi Danio rerio GRCz11 yang diperoleh dari ENSEMBL. Bacaan kemudian dikuantifikasi dengan menggunakan program htseq. Setelah dikuantifikasi, data kemudian dianalisis menggunakan package R DESeq2 menggunakan R-studio untuk mengidentifikasi ekspresi gen diferensial yang signifikan. Selanjutnya, dilakukan penentuan ontologi gen dan jalur yang berpengaruh dari hasil DESeq2 menggunakan program gene enrichment DAVID. Hasil analisis ekspresi diferensial dengan batas parameter statistik log2foldchange senilai 1 menunjukkan terdapat 43 gen yang termodulasi pada OF vs NL, 384 gen pada OFTL vs NL, dan 51 gen pada OF vs OFTL. Hasil dari gene enrichment dengan menggunakan DAVID menunjukan bahwa ekspresi gen sintesis kolesterol (dhcr24, cyp51, hsd17b7, lss, msmo1, sqlea, tm7sf2, hmgcra, dan hmgcs) menurun pada sampel dengan suplementasi tongka langit (OFTL). Hal ini menunjukan terdapat penurunan aktivitas sintesis kolesterol pada usus zebrafish yang disebabkan oleh suplementasi tongka langit.