Perpustakaan Digital ITB

Ketersediaan bahan bakar fosil yang menipis menyebabkan intensifikasi sumbersumber energi alternatif berbasis hayati (biofuel) semakin diperlukan. Lontar (Borassus flabellifer) merupakan tanaman yang berpotensi sebagai sumber biofuel karena kandungan sukrosa yang tinggi di dalam nira yang dihasilkannya. Pada musim kemarau nira lontar lebih manis dibandingkan musim hujan, diduga dipengaruhi oleh level ekspresi gen sucrose synthase (SUS) yang berbeda pada kedua musim. Studi level ekpresi gen SUS harus didahului oleh isolasi dan karakterisasi cDNA dari gen SUS B. flabellifer. Sekuens gen SUS B. flabellifer belum terdapat pada GenBank, oleh karena itu sepasang primer dirancang dari daerah terkonservasi pada protein SUS beberapa spesies monokotil. Dengan metode two step reverse transcription- PCR, telah berhasil diisolasi suatu fragmen parsial gen putatif SUS sepanjang 1866 bp dari RNA daun muda B. flabellifer. Hasil BLASTn dan BLASTp menunjukkan bahwa baik cDNA maupun polipeptida parsial SUS B. flabellifer, BfSUS, memiliki kemiripan yang tinggi dengan cDNA dan polipeptida SUS berbagai spesies tumbuhan, dengan kemiripan tertinggi ditunjukkan oleh Tulipa gesneriana. Pohon filogenetik menunjukkan bahwa protein SUS tumbuhan monokotil mengelompok secara nyata dan terpisah dari tumbuhan dikotil. Protein BfSUS mengelompok ke dalam kelompok monokotil meski tidak menunjukkan pengelompokan spesifik dengan spesies monokotil tertentu. Jarak genetik terdekat ditunjukkan oleh Tulipa gesneriana dan Oncidium cv.’Goldiana’. Karakterisasi polipeptida BfSUS menggunakan Geneious 4.6.2 menunjukkan kehadiran domain sucrose synthase (SUS) dan glycosyl transferase (GT), empat situs putatif pengikatan UDP glukosa pada domain GT, serta sebuah sisi putatif pengikatan calcium dependent Ser/Thr protein kinase, yakni Ser170 pada domain SUS. Domain dan motif ini terkonservasi pada protein SUS semua jenis tumbuhan, mengindikasikan bahwa fragmen gen BfSUS yang diperoleh dalam penelitian ini merupakan gen pengkode sucrose synthase pada B. flabellifer.