Perpustakaan Digital ITB

Pada makalah ini dibahas pengembangan aplikasi pengontrol ekson DNA Plasmodium falciparum menggunakan Hidden Markov Model (HMM) dengan cara mendefinisikan sejumlah n state dari ekson dan intron, mendefinisikan matriks transisi sebesar n x n, melakukan proses training, testing dan pengukuran akurasi. Sejumlah data digunakan pada saat training untuk membentuk model dan selanjutnya hasil model yang terbentuk diujikan dengan suatu data sekuen dan dihitung tingkat pengenalannya untuk data dengan jumlah ekson tertentu. Hasil pengujian menunjukkan bahwa pada pengujian dengan spesifik jumlah ekson diperoleh nilai pengenalan berbeda untuk setiap sekuen dengan jumlah ekson tertentu. Secara umum peningkatan nilai Coefficient Correlation (CC) disebabkan oleh peningkatan jumlah state pada model. Pada beberapa kasus menunjukkan bahwa hasil CC optimal untuk jumlah state tertentu. Hasil ini menunjukkan bahwa model optimal pada jumlah state tertentu dan memungkinkan pengembangan model akan lebih baik jika dilakukan pada spesifik jumlah ekson tertentu.