Perpustakaan Digital ITB

Peningkatan kasus infeksi dan resistensi obat Tuberkulosis (TB) menjadi tantangan kesehatan yang cukup signifikan. Menurut WHO (2024) Indonesia menempati peringkat ke-2 untuk kasus TB secara global. Berdasarkan data Kemenkes tahun 2022, terdapat 724.309 kasus TB dan 12.531 kasus diantaranya merupakan resisten rifampisin. Rifampisin merupakan obat antituberkulosis lini pertama yang berperan penting dalam menentukan regimen pengobatan dan hasil klinis. Adanya kasus resistensi rifampisin memerlukan pengujian kerentanan obat dengan peningkatan deteksi yang cepat dan tepat. Saat ini, deteksi dilakukan melalui kultur yang dapat memakan waktu hingga 2-6 minggu. Selain itu tes cepat molekuler Genexpert MTB/RIF masih belum dapat diakses oleh sebagian besar pasien karena keterbatasan akses di beberapa pelayanan kesehatan, biaya pemeliharaan tinggi, serta ketergantungan produk impor. Maka dari itu, penelitian ini bertujuan untuk mengembangkan tes cepat molekuler untuk deteksi resistensi rifampisin berbasis SYBR Green real-time PCR yang dikombinasikan dengan metode Mismatch Amplification Mutation Assay (MAMA) dan analisis kurva lebur. Perancangan primer menggunakan referensi sekuen mutan berdasarkan katalog mutasi WHO (2021) sedangkan sekuen Wild-Type (WT) menggunakan sekuen M. tuberculosis H37Rv. Kontrol positif dirancang dengan mengkonstruksi gen target mutan dan WT yang dikloning menggunakan plasmid pMG-Amp. Plasmid diperbanyak pada E. coli top10 dan dikonfirmasi dengan sekuensing DNA. Optimasi suhu annealing, pembuatan kurva standar dan penentuan limit kuantifikasi (LOQ) dilakukan untuk setiap pasangan primer mutan dan WT. Hasil penelitian didapatkan empat pasang primer yang dapat mengamplifikasi sekuen target rpoB Mutan_1 (S450L), rpoB Mutan_2 (D435V), rpoB Mutan_3 (H445Y), dan rpoB_WT (WildType), dengan suhu annealing optimum terpilih pada suhu 63,6°C. Hasil menunjukkan masing-masing amplikon memiliki titik suhu lebur (Tm) spesifik. Pada rpoB Mutan_1 sebesar ? 90°C, rpoB Mutan_2 sebesar ?88,5 °C, rpoB Mutan_3 sebesar ?84 °C, dan rpoB_WT sebesar ? 87 °C. Hasil analisis kurva standar menunjukkan bahwa masing-masing pasangan primer memiliki linearitas yang sangat baik dengan nilai R2 ? 0,98 pada rentang konsentrasi target 10 - 3,2 x 106 kopi/mL. Set primer rpoB Mutan_1 dan rpoB_WT dapat mendeteksi konsentrasi target terendah hingga 10 kopi/mL serta rpoB mutan-2 dan mutan-3 hingga 24 kopi/mL. Reaksi RT-PCR secara multipleks dapat digunakan pada kombinasi pasangan primer rpoB Mutan_1 dan rpoB Wild-Type dan rpoB Mutan_2 dengan rpoB mutan_3. Berdasarkan hasil penelitian ini, tes cepat molekuler berbasis RT-PCR yang berhasil dikembangkan dapat digunakan sebagai deteksi dini resistensi rifampisin pasien TB serta diharapkan pengembangan dan penerapannya secara luas untuk meningkatkan kontrol pengendalian TB. .