Perpustakaan Digital ITB

Protein spike SARS-CoV-2 merupakan target utama bagi antibodi monoklonal (mAb) terapeutik karena perannya dalam proses infeksi virus ke sel inang. Penelitian sebelumnya telah merancang antibody library berupa fragmen variable (Fv) terhadap berbagai varian SARS-CoV-2 secara komputasional berdasarkan urutan IgA yang diisolasi dari orang Indonesia yang terpapar COVID-19, dan menghasilkan 9 kandidat urutan Fv. Salah satu urutan tersebut telah berhasil diklon ke dalam vektor plasmid antibodi IgG untuk menghasilkan plasmid AbVec IGHG1-VH1 dan AbVec IGKC-VL1. Penelitian ini bertujuan untuk menghasilkan urutan baru dari 9 kandidat tersebut melalui mutagenesis situs terarah pada complementarity determining region (CDR) dalam kedua plasmid untuk menghasilkan varian mAb IgG rekombinan. Primer mutagenik untuk mutagenesis situs terarah dirancang berdasarkan parameter panjang primer, kandungan GC, suhu leleh (Tm), analisis struktur sekunder, serta analisis energi bebas pentamer. Dari proses tersebut diperoleh primer VH1_YP_fwd, VH1_YP_rev, VL1_S_fwd, dan VL1_S_rev yang selanjutnya digunakan untuk mutagenesis situs terarah berbasis single primer reaction in parallel (SPRIP) polymerase chain reaction (PCR) pada plasmid AbVec IGHG1-VH1 dan AbVec IGKC-VL1. Hasil sekuensing menunjukkan keberhasilan mutasi, yang menghasilkan plasmid AbVec IGHG1-VH2_YP dan AbVec IGKC-VL2_S. Plasmid yang telah mengalami mutasi ini kemudian dikotransfeksikan ke dalam sel HEK293T dan antibodi yang dihasilkan dianalisis menggunakan metode indirect enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA) dengan subunit protein spike S1 sebagai antigen. Deteksi antibodi yang dihasilkan menunjukkan tingkat yang rendah, sehingga dilakukan investigasi lebih lanjut melalui eksperimen chain shuffling dengan plasmid pCAGGS-BD-604-HC dan pCAGGS-BD-604-LC yang diketahui memiliki afinitas terhadap protein spike S1. Hasil eksperimen chain shuffling menunjukkan bahwa rekombinasi dengan plasmid pCAGGS-BD-604 meningkatkan absorbansi, yang menunjukkan kemampuan pengikatan antigen yang lebih tinggi. Kesimpulannya, varian mAb IgG rekombinan yang dihasilkan dari plasmid AbVec IGHG1-VH2_YP dan AbVec IGKC-VL2_S memiliki afinitas yang rendah terhdap protein spike S1. Namun, investigasi lebih lanjut dengan protein whole spike sebagai antigen indirect ELISA, investigasi dengan varian protein spike SARS-CoV-2 lainnya serta cloning sekuens Fv ke dalam vektor pCAGGS masih dibutuhkan.