Perpustakaan Digital ITB

Mikroalga merupakan organisme produsen primer dengan keanekaragaman tinggi yang mampu beradaptasi di lingkungan ekstrem. Kawah Talaga Bodas di Jawa Barat merupakan danau vulkanik dengan karakteristik pH asam dan kandungan mineral tinggi yang berpotensi menyimpan mikroalga unik. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi jenis spesies mikroalga isolat Talaga Bodas dengan menganalisis urutan gen pengode 18S rRNA dan rbcL serta menentukan kode batang DNA dari tersebut. Metode penelitian meliputi ekstraksi DNA menggunakan metode Chelex 100, amplifikasi fragmen gen melalui PCR (Polymerase Chain Reaction) menggunakan primer 18S rRNA 1 (daerah 0?1200 bp), 18S rRNA 2 (daerah 500?1700 bp) dan primer rbcL, serta penentuan jenis spesies dan kode batang berdasarkan urutan nekleotida kedua gen tersebut. Isolat menunjukkan karakteristik morfologi sel berbentuk bulat dengan rata-rata ukuran panjang 3?6 µm. Produk hasil PCR gen 18S rRNA 1 berukuran 1250 pb, 18S rRNA 2 berukuran 1310 pb, dan primer rbcL berukuran ~650 pb. Hasil analisis kromatogram sekuensing gen 18S rRNA dan rbcL menunjukkan puncak tunggal dan tajam yang mengonfirmasi isolat sebagai koloni tunggal. Urutan nukleotida fragmen gen 18S rRNA hasil contig kedua primer berukuran 1591 bp dan fragmen gen rbcL berukuran 635 bp. Analisis BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) dan pohon filogenetik menggunakan fragmen gen rbcL mengidentifikasi isolat sebagai Galdieria sulphuraria dengan identitas 100%. Namun fragmen gen 18S rRNA menunjukkan isolat sebagai Cyanidium caldarium dengan persen identitas 99,40%. Perbedaan hasil ini mengindikasikan adanya variasi genetik yang tinggi atau posisi filogenetik yang unik pada isolat lokal tersebut. Hasil kode batang DNA gen 18S rRNA memiliki penanda genetik spesifik pada urutan basa ke- 990 berupa basa guanin yang berbeda dengan genus lainnya. Pada gen rbcL, ditemukan penanda genetik pada urutan basa ke-64 (sitosin) dan basa ke-69 (adenin) yang berbeda dengan spesies lain. Secara keseluruhan, isolat terkonfirmasi kuat sebagai anggota Famili Cyanidiaceae, namun jenis spesies belum berhasil terkonfirmasi dengan pasti. Penelitian lanjutan melalui sekuensing keseluruhan genom sangat diperlukan untuk memastikan spesies mikroalga isolat Talaga Bodas.