Perpustakaan Digital ITB

Resistensi antimikroba (AMR) merupakan salah satu ancaman kesehatan global berdasarkan laporan WHO pada tahun 2023. Tingginya angka patogen dengan resistensi ini mendorong urgensi ditemukannya senyawa antimikroba baru untuk melawan patogen. Danau Gili Meno, Lombok, Indonesia memiliki lingkungan salinitas air danau lebih tinggi dibandingkan air laut di sekitar pulau mengindikasikan evolusi keragaman komunitas mikroba yang berpotensi untuk dieksplorasi kemampuannya menghasilkan antimikroba sebagai bentuk mekanisme untuk pertahanan ataupun menyerang mangsanya. Pada penelitian ini, telah dilakukan isolasi bakteri dari sampel air dan sedimen danau Gili Meno pada musim kemarau sekaligus melihat potensinya dalam menghasilkan senyawa antimikroba yang diharapkan baru. Untuk mendukung data ini, telah dilakukan juga studi perbandingan genom yang dekat dengan isolat teridentifikasi untuk melihat potensinya dalam menghasilkan senyawa antimikroba batu berdasarkan profil kluster gen biosintesisnya. Penelitian ini dimulai dengan proses isolasi bakteri yang dilakukan pada tiga jenis medium pengayaan dan dilanjutkan dengan uji tantang untuk mengevaluasi aktivitas penghambatan isolat terhadap pertumbuhan model bakteri Gram negatif dan/atau Gram positif. Isolat yang terindikasi memiliki aktivitas telah diidentifikasi berdasarkan sekuens gen 16s rRNA-nya dan hasil identifikasi isolat ini menjadi basis pencarian whole genome sequence (WGS) pada database NCBI untuk dilakukannya studi komparasi profil BGC pada masing-masing WGS. Hasil menunjukkan bahwa dari total 29 isolat yang berhasil dimurnikan, 12 diantaranya menunjukkan aktifitas produksi antimikroba terhadap bakteri model gram positif B. subtilis dan/atau gram negatif E. coli. Spesies dari dua isolat terpilih telah diidentifikasi dan diberi nama Bacillus amyloliquefaciens KPCG13 dan Paenibacillus polymyxa KPSI22. Hasil analisis perbandingan dari sekuens genom terdekat dari kedua isolat tersebut yang tersedia pada database NCBI menunjukkan kehadiran 11 biosynthetic gene clusters (BGC). Sembilan diantaranya mampu memproduksi senyawa-senyawa yang telah diketahui memiliki aktivitas antimikroba. Sementara 2 BGC lainya diprediksi mampu menghasilkan turunan dari senyawa yang telah diketahui, yaitu tridecaptin dan kelas senyawa hybrid poliketon peptida. Penelitian lebih lanjut diperlukan untuk memverifikasi keberadaan dua kluster gen tersebut, sekaligus produk yang dihasilkannya. Diharapkan informasi ini dapat membantu penemuan senyawa antimikroba baru untuk menjawab masalah AMR di Indonesia, maupun di dunia.