Perpustakaan Digital ITB

Human Immunodeficiency Virus tipe 1 (HIV-1) memiliki laju mutasi yang tinggi sehingga rentan mengembangkan resistansi terhadap obat antiretroviral (ARV). Deteksi mutasi resistansi obat (drug resistance mutations, DRM) yang akurat sangat penting untuk menunjang keberhasilan terapi HIV. Saat ini, metode sekuensing Sanger masih digunakan sebagai standar utama dalam deteksi DRM, akan tetapi metode tersebut memiliki keterbatasan berupa alur kerja yang relatif kompleks, biaya operasional yang tinggi, dan kapasitas sampel yang terbatas.Di lain pihak, Oxford Nanopore Technologies (ONT) merupakan salah satu teknologi sekuensing yang berpotensi menjadi alternatif, tetapi alur analisis bioinformatika untuk deteksi DRM HIV berbasis ONT masih belum terstandarisasi. Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan untuk membandingkan performa platform ONT terhadap metode sekuensing Sanger dalam mendeteksi DRM HIV menggunakan dua pipeline bioinformatika, yaitu HIVdb-NGS dan Nano-RECall. Sebanyak 20 sampel klinis HIV-1 yang terdiri atas 10 sampel susceptible dan 10 sampel resistan dianalisis dalam penelitian ini. Daerah PR, RT, dan IN diamplifikasi menggunakan metode PCR dan disekuensing menggunakan metode Sanger dan ONT. Data ONT diproses melalui tahap trimming dan evaluasi kualitas, kemudian dianalisis menggunakan HIVdb-NGS dan Nano-RECall pada threshold 20% dan 10%. Analisis kesesuaian dilakukan menggunakan parameter sensitivitas, spesifisitas, dan Cohen’s kappa dengan hasil sekuensing Sanger sebagai pembanding. Pada threshold 20%, HIVdb-NGS dan Nano-RECall masing-masing menunjukkan sensitivitas sebesar 90,91% dan 72,73%, spesifisitas sebesar 100%, serta nilai Cohen’s kappa sebesar 0,90 dan 0,71. Pada threshold 10%, HIVdb- NGS mempertahankan performa yang sama, sedangkan Nano-RECall menunjukkan penurunan performa dengan sensitivitas 70%, spesifisitas 80%, dan Cohen’s kappa 0,60. Pada kedua pipeline, mutasi H221HY yang tidak terdeteksi pada threshold 20% berhasil terdeteksi pada threshold 10%, sedangkan Nano- RECall melaporkan mutasi G140GR dan sejumlah delesi yang tidak terdeteksi oleh sekuensing Sanger maupun HIVdb-NGS. Ketidaksesuaian tersebut diduga berkaitan dengan artefak pada proses pemanggilan varian serta perbedaan karakteristik data sekuensing ONT antara metode rapid barcoding yang digunakan dalam penelitian ini dan metode native barcoding yang digunakan saat pengembangan Nano-RECall. Berdasarkan hasil penelitian, platform ONT memiliki potensi sebagai alternatif dari metode sekuensing Sanger untuk mendeteksi DRM pada penderita HIV. Namun, di antara kedua pipeline yang dievaluasi, HIVdb-NGS menunjukkan tingkat kesesuaian yang lebih tinggi dan performa yang lebih konsisten dibandingkan Nano-RECall pada kedua threshold yang diuji.