Teluk Bintuni merupakan perairan semi tertutup, dimana teluk ini tidak terhubung langsung dengan laut lepas, namun dipisahkan oleh Teluk Berau. Jarak antara muara Teluk Bintuni dengan laut lepas sekitar 200km. Penelitian ini menggunakan solusi pendekatan numerik untuk pemodelan hidrodinamika dan pemodelan transport sedimen. Pemodelan numerik hidrodinamika dan transportasi sedimen dilakukan dengan software Delft3D untuk mengetahui kondisi hidrodinamika dan transportasi sedimen pada daerah kajian. Metode yang digunakan dalam penelitian ini adalah metode deskriptif dan penentuan lokasi pengambilan sampel sedimen menggunakan metode purposive sampling. Parameter seperti, elevasi, arus, batimetri, merupakan data primer hasil pengukuran lapangan, dan citra satelit. Uji sensitivitas dilakukan dengan 4 parameter yang berbeda yaitu, data batimetri, debit sungai, angin, dan gelombang. Hasil uji sensitivitas menunjukan parameter yang berpengaruh terhadap hasil model yaitu batimetri dan angin. Simulasi dilakukan selama 61 hari pada tanggal 1 November 2019 – 31 Desember 2019. Arus dominan pada daerah kajian merupakan arus pasang surut. Kecepatan rata–rata arus bervariasi antara 0.5 – 1 m/s. Kondisi kecepatan arus semakin berkurang ke arah mulut teluk yang dikarenakan pada daerah muara kecepatan arus dipengaruhi oleh debit sungai dari sungai yang bermuara. Kecepatan maksimal di area muara mencapai 1 .m/s dan menurun hingga maksimal ke arah mulut teluk dengan kecepatan 0.1 m/s. 2. Pada kondisi neaptide saat surut terendah, massa air di muara sungai cenderung menuju ke luar teluk namun pada saat yang sama massa air dari luar teluk bergerak menuju ke dalam teluk. Berdasarkan hasil model menunjukan pertemuan dua arah massa air yang berlawanan tersebut terjadi di daerah teluk, sehingga massa air tidak dapat terdorong keluar teluk. Hasil model transportasi sedimen menunjukan sedimentasi di daerah Tangguh lebih tinggi, daripada beberapa titik di muara sungai Teluk Bintuni. . Nilai kalibrasi elevasi muka air hasil model dengan data lapangan dengan metode RMSE yaitu sebesar 23,69%, dan kalibrasi data arus hasil model mendapatkan nilai eror sebesar 28,23%.