Perpustakaan Digital ITB

Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS CoV-2) muncul pada tahun 2019 di Wuhan, Tiongkok, dan sejak saat itu menyebabkan pandemi global yang dikenal sebagai COVID-19. Pada tahun 2024, Organisasi Kesehatan Dunia melacak beberapa varian baru SARS CoV-2 yang berpotensi menghindari respon imun dan meningkatkan penularan. Protease adalah target yang menjanjikan untuk pengobatan COVID-19, tetapi pengembangan senyawa antivirus yang efektif melawan protease masih merupakan proses yang sangat rumit. Peptida bioaktif diketahui memiliki aktivitas antivirus dan dikenal sebagai peptida antivirus. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk menemukan peptida bioaktif yang dapat digunakan sebagai pengobatan alternatif untuk SARS CoV-2 dengan cara menghambat protease secara in silico. Pemodelan farmakofor dari 6 senyawa training set dibuat untuk menyaring 168.420 peptida untuk mendapatkan 1.000 molekul peptida yang kemudian dilakukan penapisan virtual berbasis Molecular docking. Simulasi dinamika molekuler dilakukan pada Co-crystallized ligan, mol-nupiravir, lopinavir, dan 2 ligan uji terbaik dari penelitian sebelumnya. Pada TMPRSS2, ligan uji T1 (Lasparticyl-L-alanyl-L-prolyl-L-alanine) dan T3 (L-glutaminyl-L-tryptophyl-Ltryptophyl-L-isoleucine) memiliki nilai energi bebas pengikatan yang lebih rendah yaitu ?13,4161 kkal/mol dan ?12,5469 kkal/mol dibandingkan dengan Cocrystallized ligan, lopinavir dan molnupiravir. Pada Main Protease, ligan uji M1 (Lfenilalanil-L-tryptophyl-L-prolyl-L-isoleusin) dan M3 (L-glutaminyl-Ltryptophyl-L-tryptophyl-L-isoleusin) memiliki afinitas pengikatan sebesar ?63,6759 kkal/mol dan ?35,0534 kkal/mol, lebih rendah dibandingkan dengan Cocrystallized ligan, lopinavir dan molnupiravir. Dalam furin, afinitas pengikatan Cocrystallized ligan lebih rendah daripada ligan uji, molnupiravir dan lopinavir. Pada Papain seperti protease, ligan uji P3 (L-tryptophyl-L-phenylalanyl-L-threonine) memiliki interaksi dengan asam amino yang penting. Dengan demikian, T1, T3, M1, M3 dan P3 memiliki potensi sebagai penghambat TMPRSS2, Main Protease dan Papain like Protease pada SARS CoV-2 .