Radikal bebas merupakan senyawa yang bersifat reaktif. Radikal bebas dalam jumlah yang berlebihan dan tidak seimbang mampu merugikan bagi kesehatan. Kondisi ini disebut sebagai stres oksidatif. Untuk mengatasi masalah kesehatan yang ditimbulkan oleh stres oksidatif, maka diperlukan senyawa antioksidan. Antioksidan adalah senyawa yang mampu menginhibisi radikal bebas. Salah satu tanaman yang memiliki aktivitas antioksidan adalah malapari (Pongamia pinnata (L.) Pierre). Penelitian ini bertujuan untuk mengisolasi senyawa yang aktif antioksidan pada minyak dan ampas biji malapari hasil pemrosesan biodisel. Selain itu, penelitian ini dilakukan untuk menentukan golongan metabolit sekunder yang berperan memberikan aktivitas antioksidan tersebut. Uji aktivitas antioksidan dilakukan dengan metode DPPH secara kualitatif dan kuantitatif. Pengujian kualitatif dilakukan dengan kromatografi lapis tipis (KLT) bioautografi dan pengujian kuantitatif dilakukan dengan spektrofotometri UV-Vis untuk menentukan % peredaman dan nilai IC50. Nilai IC50 merupakan besaran yang menyatakan konsentrasi sampel yang mampu meredam sebanyak 50% radikal bebas. Nilai IC50 pada ekstrak etanol ampas biji malapari bernilai 2.187,60 ± 22,03 ?g/mL, sedangkan minyak biji pada konsentrasi 2.000 ?g/mL hanya mampu meredam aktivitas radikal bebas sebesar 17,92%. Hal ini menunjukkan bahwa kemampuan antioksidan ekstrak etanol ampas biji lebih kuat dibandingkan dengan minyak biji, sehingga bahan yang dilanjutkan untuk diisolasi adalah ekstrak etanol ampas biji. Hasil uji kualitatif aktivitas antioksidan pada isolat yang diperoleh dari ekstrak etanol ampas biji menunjukkan adanya bercak kuning pada latar ungu. Hal ini menunjukkan bahwa terdapat aktivitas antioksidan. Isolat yang diperoleh dari ekstrak etanol ampas biji pada konsentrasi 116,66 ?g/mL memiliki % peredaman 0,29 ± 0,19% dan merupakan senyawa golongan asam fenolat.