Perpustakaan Digital ITB

Keanekaragaman hayati di Indonesia menjadi habitat untuk berbagai mikroorganisme unik yang memiliki banyak manfaat bagi kehidupan manusia, salah salah satunya yaitu Virgibacillus salarius. Bakteri halofilik moderat V. salarius yang diisolasi dari karang laut memiliki gen sqs yang mengkodekan enzim Squalene Synthase (SQS) penghasil squalene dalam genomnya, dan berpotensi menghasilkan squalene. Squalene bermanfaat untuk berbagai industri, seperti vaksinasi tambahan di bidang medis, produk kosmetik di bidang kecantikan, dan suplemen makanan di bidang nutraceutical. Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan untuk mengisolasi dan mengkloning gen sqs dari data genome V. Salarius yang telah dihasilkan pada penelitian sebelumnya, serta mengkarakterisasi secara in silico gen tersebut. Urutan genom dari Whole Genome Sequencing (WGS) V. salarius dianotasi menggunakan KEGG Onthology. Karakterisasi gen sqs pada V. salarius, meliputi panjang sekuens dan faktor transkripsi dilakukan menggunakan FGENESB. Analisis komparatif dilakukan dengan mencari persentase kemiripan sekuens protein dari gen sqs V. salarius dengan enam bakteri penghasil squalene dari famili Bacillaceae dan satu dari famili Planococcaceae sebagai outgroup berdasarkan sekuen yang didapatkan dari NCBI menggunakan ClustalX, identifikasi motif dan domain pada setiap protein diduga oleh MEME-Suites dan CD-Search, serta konstruksi pohon filogenetik dari urutan protein diduga SQS dengan MEGA-X. Hasil isolasi gen sqs pada V. salarius kemudian dikloning ke dalam plasmid pGEMT dan ditransformasikan ke dalam bakteri Escherichia coli DH?. Gen sqs hasil isolasi kemudian dilalukan sekuensing, dan sekuens tersebut dikonfirmasi melalui Pairwise Sequence Alignment dengan sekuens yang diprediksi oleh WGS. Gen sqs yang diisolasi dari V. salarius berukuran 822 bp dan diprediksi memiliki domain superfamili ERG9 pada protein SQS.