Kepundung (Baccaurea racemose) merupakan tanaman yang tidak umum dibudidayakan, namun memiliki potensi sebagai obat herbal, termasuk potensi dalam penurunan kadar glukosa darah terkait diabetes. Senyawa flavonoid dari ekstrak etanol daun kepundung (EEDK) menunjukkan aktivitas sebagai inhibitor ?-glukosidase, namun aktivitas tersebut masih perlu ditingkatkan. Selain itu, flavonoid memiliki keterbatasan bioavailabilitas yang rendah sehingga tidak dapat memberikan efek terapetik yang optimal bagi tubuh. Pada penelitian ini dilakukan upaya untuk meningkatkan aktivitas EEDK dengan mengenkapsulasi EEDK dalam nanopartikel kitosan alginat (NKA-EEDK). Formulasi NKA-EEDK didesain menggunakan metode Box Behnken Design pada aplikasi Minitab21® dengan variabel bebas konsentrasi surfaktan (X1), konsentrasi STTP (X2), dan waktu ultrasonikasi (X3). Adapun variabel terikat yang digunakan adalah ukuran partikel (Y1), indeks polidispersitas (Y2), dan efisiensi enkapsulasi (Y3). Formula NKA-EEDK optimum dikarakterisasi dan diuji aktivitasnya dengan uji inhibitor ?-glukosidase secara in vitro dan uji toleransi glukosa secara in vivo. Formula NKA-EEDK optimum terdiri dari komponen kitosan (0,6%), poloxamer 407 (1%), EEDK (0,6%), STPP (0,23%), dan alginate (0,675%). Proses pembuatan melibatkan pengadukan dengan kecepatan 700 rpm dan ultrasonikasi selama 15 menit. Diperoleh sediaan NKA-EEDK optimum yang memiliki karakteristik ukuran partikel 182,8 ± 10,1 nm, indeks polidispersitas 0,296 ± 0,02, zeta potensial -16,4±1,5 mV, pH sediaan 5,8±0,03, efisiensi enkapsulasi 84,74 ± 0,44%, morfologi partikel yang mendekati sferis, dan persentase pelepasan sebesar 78,31 ± 2,48% selama 24 jam. NKA-EEDK menunjukkan stabilitas yang baik pada suhu 25oC selama 21 hari. NKA-EEDK memiliki aktivitas penurunan kadar glukosa yang lebih baik dibandingkan dengan EEDK, baik secara in vitro maupun in vivo.