Dalam sistem akuakultur resirkulasi (RAS), biofilter digunakan untuk mengontrol konsentrasi amonia beracun (NH3) melalui proses nitrifikasi. Terlepas dari pentingnya peran mereka, bakteri nitrifikasi yang tumbuh lambat hanya merupakan sebagian kecil dari komunitas mikroba dalam biofilter. Sementara itu, bakteri heterotrofik mendominasi karena pertumbuhannya yang lebih cepat serta kemampuannya dalam menghilangkan komponen karbon dan nitrogen dari air, dan perannya sering diabaikan. Dalam penelitian ini, bakteri heterotrofik diisolasi dan diuji kemampuannya untuk menurunkan nitrogen amonia total (TAN) dalam batch 100 mL medium heterotrofik nitrifikasi (HNM). Pseudomonas sp. NTB-3 dan Pseudomonas sp.BF-1 diisolasi dari sampel kultur nitrifikasi teraktivasi (NTB) dan instalasi biofilter (BF) yang keduanya berasal dari sistem air tawar. Kedua strain tersebut ditemukan mampu menurunkan TAN dengan tingkat rata-rata masing-masing isolat adalah sebagai berikut: 0,98; 3,85; 4,64; dan 1,93 (NTB-3), 4,11; 1,94; 2,22; dan 1,73 (BF-1) (ppm/jam) untuk TAN awal masing-masing sebesar 10 ppm, 20 ppm, 30 ppm, dan 50 ppm. Efisiensi penurunan TAN menunjukkan nilai yang baik (>90%) untuk TAN awal 10 ppm - 30 ppm, dan efisiensi 80% dicapai oleh kedua isolat pada TAN awal 50 ppm. Kurva pertumbuhan menunjukkan bahwa NTB-3 memiliki kerapatan sel 10 kali lebih tinggi dan laju pertumbuhan spesifik hampir empat kali lebih tinggi daripada BF-1. Evaluasi aktivitas penurunan dalam batch 900 mL menunjukkan kinerja yang sama antara NTB-3, BF-1, dan konsorsium NTB-3:BF-1 (1:3) dengan rata-rata total penurunanTAN (37,3 ppm), laju penurunan rata-rata (3,11 ppm/jam), dan pemanfaatan karbohidrat (224 ppm). Selama percobaan, konsentrasi NO2--N dan NO3--N ditemukan di bawah batas aman masing-masing 0,05 ppm dan 1,0 ppm, untuk sistem akuakultur. Kedua bakteri heterotrofik tersebut menunjukkan potensi dalam penghilangan TAN yang dapat diterapkan dalam sistem akuakultur tanpa akumulasi nitrit dan nitrat yang beracun di masa depan.