Informasi mengenai urutan nukleotida berperan sangat penting dalam rekonstruksi sejarah
masa lampau maupun untuk keperluan forensik. Hingga saat ini, para ahli paleoantropologi
belum dapat mengetahui keterkaitan antara mtDNA masyarakat Sangiran dengan fosil Homo
Erectus yang ditemukan di sana. Penelitian ini dilakukan untuk menentukan urutan
nukleotida D-Loop empat sampel masyarakat Sangiran sebagai bagian dari pembuatan basis
data (database) penelitian lain yang mengaitkan hubungan masyarakat Sangiran dengan fosil
Homo Erectus. Untuk menjawab permasalahan ini, sel epitel mulut digunakan sebagai
templat DNA, kemudian DNA diperbanyak dengan metoda PCR, dan urutan nukleotidanya
ditentukan dengan metoda dideoksi Sanger. Pengamatan hasil PCR dengan elektroforesis gel
agarosa menunjukkan pita DNA sampel berukuran 0,9 kb. Penentuan urutan nukleotida
menunjukkan hasil sebanyak 451 pasang basa yang dapat dianalisis dan dibandingkan
dengan Cambridge Reference Sequence (CRS) untuk mengetahui posisi mutasi yang terjadi
pada sampel. Pada posisi 16226 terdapat perbedaan nukleotida yaitu sitosin pada CRS
menjadi timin pada empat sampel tersebut. Perbedaan nukleotida ini diduga menjadi ciri
khas bagi urutan nukleotida masyarakat Sangiran.