Perpustakaan Digital ITB

?-Amilase BaqA dari Bacillus aquimaris MKSC 6.2 yang diisolasi dari koral lunak Sinularia sp. dapat mendegradasi pati mentah, seperti jagung, beras, sagu, singkong, dan kentang. BaqA tidak memiliki domain pengikatan pati (SBD) yang lazim ditemukan pada enzim pengurai pati mentah. Namun, analisis in silico menunjukkan adanya situs pengikatan pada permukaan (SBS) yang terdiri dari residu triptofan bersebelahan (Trp201 dan Trp202) pada domain A dan residu ‘penjepit gula’ (Tyr400) pada domain C. Tujuan penelitian ini adalah mempelajari peran residu triptofan bersebelahan sebagai SBS dengan penambatan molekul dan simulasi dinamika molekul serta mengkonstruksi varian mutan W201. BaqA?C, yang merupakan BaqA yang telah mengalami pemotongan sebanyak 34 asam amino pada ujung C, digunakan pada penelitian ini. Analisis in silico dilakukan dengan metode penambatan molekul dan simulasi dinamika molekul untuk mempelajari pengaruh substitusi Trp201 dan Trp202 menjadi alanin (W201A, W202A, W201A/W202A) dan fenilalanin (W201F) terhadap afinitas dengan substrat dan kestabilan protein. Pemodelan BaqA?C berhasil dilakukan melalui server I-TASSER dengan hasil yang mendekati baik. Hasil mutasi in silico terhadap BaqA?C tidak mempengaruhi stabilitas protein secara signifikan. Namun, mutasi ini dapat menurunkan pergerakan residu pada loop III di domain B. Oleh karena itu, dapat disimpulkan bahwa residu W201 dan W202 dapat membantu menjaga fleksibilitas loop III pada domain B yang dekat dengan pusat aktif protein. Selain itu, penelitian ini mengungkapkan bahwa substrat analog berikatan pada permukaan protein melalui interaksi dengan residu W201 yang bersifat aromatik. Untuk mengetahui pengaruh mutasi residu W201 terhadap aktivitas BaqA?C, dua plasmid rekombinan, yaitu pET-30a-BaqA?C W201F yang mengubah urutan nukleotida TGG?TTT; serta pET-30a-BaqA?C W201A yang mengubah urutan nukleotida TGG?GCG telah berhasil dikonstruksi menggunakan metode berbasis PCR dan telah dikonfirmasi melalui analisis urutan nukleotida.