Dysbiosis usus merupakan kondisi ketidakseimbangan mikrobiota usus yang ditandai dengan peningkatan kelimpahan patogen sehingga mengakibatkan inflamasi kronis di usus. Inflamasi dapat mengganggu penyerapan nutrisi sehingga berkorelasi dengan stunting. Namun, patogen yang mampu menyebabkan dysbiosis usus dan stunting masih belum diketahui. Potensi keberadaan patogen dapat berasal dari areola pada ibu selama masa pemberian ASI eksklusif dan fasilitas air bersih. Oleh karena itu, tujuan penelitian ini yaitu: (1) Menentukan kelimpahan dan diversitas mikroba terkultur pada sampel areola dan fasilitas air dari ibu menyusui dengan anak penderita stunting dan anak normal (2) Menentukan karakterisasi patogen yang dapat menyebabkan stunting berdasarkan kemampuan pertumbuhan dan pembentukan biofilm pada pH rendah dan cekaman garam empedu 0.3% (w/v); (3) Menentukan resistensi isolat terhadap antibiotik; (4) Mengidentifikasi isolat patogen terpilih melalui MALDITOF. Sampel yang digunakan adalah usapan areola serta air bersih. Penelitian menggunakan media umum (LB dan R2A) dan media selektif (PTTL, PTTLBS, MRSL, MRSLBS, EMB, SSA, dan SA) yang diinkubasi pada suhu 370C. Seleksi isolat patogen dilakukan dengan cekaman pH rendah (pH
3,4,5) dan garam empedu 0.3% (w/v). Analisis biofilm dilakukan dengan biofilm assay. Uji resistensi terhadap antibiotik dilakukan dengan menggunakan kit diagnostic. Kemudian, identifikasi isolat dengan
MALDITOF. Berdasarkan hasil penelitian ini bahwa didapatkan pada sampel areola kelimpahan bakteri
fastidious dan non-fastidious lebih tinggi pada sampel normal (105 CFU/cm2 dan 105 CFU/cm2) dibandingkan stunting (103 CFU/cm2 dan 104 CFU/cm2). Sementara pada sampel air, bakteri fastidious pada sampel normal (101 CFU/mL) lebih rendah dibandingkan sampel stunting (106 CFU/mL). Sementara kelimpahan bakteri air non-fastidious pada sampel air (106 CFU/mL) lebih tinggi dibandingkan sampel stunting (105 CFU/mL). Berdasarkan hasil isolasi didapatkan 18 isolat yang
didominasi oleh bakteri Gram positif berbentuk coccus. Berdasarkan seleksi pembentukan biofilm pada media dengan garam empedu 0.3% (w/v) terdapat 8 isolat dengan kemampuan SBF (Strong Biofilm Former) yaitu isolat A, E, F, G, I, J, M, dan N. Berdasarkan seleksi lebih lanjut hanya isolat M dan N yang dapat mempertahankan kemampuan SBF pada pH 4 dan pH 5. Berdasarkan uji resistensi terhadap antibiotik isolat M dan N berpotensi sebagai multi drug resistant bacteria (MDRB). Hasil identifikasi melalui MALDITOF untuk isolat M dan N adalah Staphylococcus saprophyticus. Bakteri ini berpotensi menyebabkan dysbiosis pada saluran pencernaan bayi yang dapat menyebabkan infeksi kronis dan mengganggu penyerapan nutrisi pada bayi.