Perpustakaan Digital ITB

SARS-CoV-2 merupakan virus single-stranded RNA yang berasal dari famili Coronaviridae dan menyerang sistem pernafasan, dan menyebabkan COVID-19. Virus ini menyebar dengan cepat di seluruh dunia dan menjadi penyebab pandemi global. Metode gold standard dalam mendiagnosis COVID-19 yaitu real-time reverse transcription PCR (rRT-PCR). Namun, rRTPCR yang sekarang digunakan masih bersifat kualitatif, sehingga tidak dapat mengkuantifikasi jumlah virus pada pasien. Kuantifikasi virus pada pasien sangat penting dalam mengevaluasi efektivitas terapeutik dan tingkat kesembuhan pasien selama pengobatan. Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan untuk mengembangkan tes diagnostik SARS-CoV-2 berbasis real-time PCR kuantitatif. Penelitian dilakukan dengan melakukan multiple sequence alignment dari 106 sekuens gen N SARS-CoV-2 yang berasal dari collection date GISAID bulan Februari-Oktober 2021. Selanjutnya didesain primer, probe, dan plasmid kontrol positif pUC57 yang diinsersikan daerah target amplifikasi secara in silico. Lalu dilanjutkan dengan optimasi suhu annealing dan konsentrasi primer dan probe. Linearitas, efisiensi PCR, dan LOQ ditentukan dari kurva standar yang dikonstruksi pada rentang konsentrasi plasmid kontrol positif 3,86x104 sampai dengan 3,86x107 copy number/mL. Selanjutnya ditentukan LOD dari tes diagnostik yang dirancang pada konsentrasi plasmid kontrol positif 3,86; 193; dan 386 copy number/mL sebanyak 10x replikat untuk setiap konsentrasi yang diuji. Dari penelitian ini didapatkan 2 kandidat set primer dan probe terbaik, yaitu set 1A dan 3B. Suhu annealing primer optimum yaitu 57ºC (set 1A) dan 54ºC (set 3B). Set yang terpilih untuk diuji lebih lanjut adalah set 3B karena menghasilkan Ct lebih rendah. Konsentrasi optimum primer forward, primer reverse, dan probe secara berturut-turut yaitu 200 nM, 300 nM, dan 300 nM. Dari kurva standar yang dikonstruksi didapatkan nilai R2=0,9964, efisiensi PCR=102,34%, LOQ=3,86x104 copy number/mL. LOD dari tes yang dirancang adalah 3,86 copy number/mL. Dari penelitian ini telah berhasil didapatkan tes diagnostik SARS-CoV-2 berbasis real-time PCR kuantitatif yang memiliki linearitas, LOD, dan LOQ yang sangat baik. Penelitian lebih lanjut dibutuhkan untuk menentukan sensitivitas dan spesifisitas dari tes diagnostik ini dalam mendeteksi SARS-CoV2 pada pasien COVID-19.