Perpustakaan Digital ITB

COVID-19 merupakan penyakit pneumonia baru yang disebabkan oleh virus SARS-CoV-2 dan telah menyebar ke lebih dari 200 wilayah di dunia termasuk Indonesia. SARS-CoV-2 memiliki beberapa varian yang diyakini sangat penting karena potensi mereka untuk meningkatkan transmissibilitas, virulensi, dan mengurangi efektivitas vaksin. Protein aksesori ORF8 merupakan salah satu protein SARS-CoV-2 yang berevolusi paling cepat dengan kecenderungan terjadinya delesi. Mutasi yang dialami protein ORF8 adalah delesi satu nukleotida (?1), delesi 6 nukleotida (?6), delesi 382 nukleotida (?382), dan substitusi asam amino tunggal. Delesi ?382 berkaitan dengan gejala penyakit yang lebih ringan dan berkurangnya kejadian hipoksia, sementara delesi lainnya masih belum diketahui dampaknya. Protein ORF8 juga dapat berinteraksi dengan molekul MHC-I dan secara signifikan menurunkan ekspresi permukaan molekul MHC-I pada berbagai jenis sel. Fungsi lainnya yaitu protein ini dapat digunakan pada tes serologi untuk deteksi dini COVID-19. Belum diketahui apakah variasi protein ORF8 terjadi di Indonesia sehingga dilakukan analisis mutasi protein ORF8 dan kaitannya dengan fungsi-fungsi yang dimiliki protein ORF8 melalui pendekatan analisis genom pasien COVID-19 Indonesia. Data genom lengkap pasien Indonesia didapatkan dari database GISAID. Terhadap seluruh mutasi yang diperoleh, dilakukan homologi modeling menggunakan SWISS-MODEL. Hasil identifikasi 400 genom protein ORF8 dari pasien Indonesia menunjukkan sebanyak 16% protein ORF8 mengalami mutasi. Jenis-jenis mutasinya adalah mutasi delesi ?1 (3%), delesi ?6 (0,5%), dan beberapa mutasi substitusi yang didominasi oleh mutasi substitusi V62L (3,5%) dan A65S (1,5%). Analisis model struktur ORF8 delesi ?1 menunjukan struktur yang identik, sementara pada struktur model delesi ?6 terjadi perubahan residu asam amino dari Gly-Ser-Lys menjadi Glu. Adapun model struktur protein ORF8 dengan mutasi V62L mengalami perubahan struktur sekunder pada area sekitar V62L. Sementara struktur model substitusi A65S menunjukan struktur yang berbeda dari struktur wild typenya. Perubahan model struktur ORF8 mungkin berkaitan dengan perubahan fungsinya.