digilib@itb.ac.id +62 812 2508 8800

ANALISIS GEN ENVELOPE SARS-COV-2 DARI ISOLAT PASIEN COVID-19 DI JAWA BARAT, INDONESIA

Penulis : Gusti Ayu Prani Pradani [10416017]
Kontributor / Dosen Pembimbing :
  • Azzania Fibriani S.Si., M, Si., Ph. D dan drg. Ema Rahmawati, MKM.
Jenis Koleksi : Tugas Akhir
Tahun Terbit :
Penerbit : Mikrobiologi
Fakultas : Sekolah Ilmu dan Teknologi Hayati
Subjek :
Kata Kunci : SARS-CoV-2, Sanger Sequencing, Jawa Barat, C26305T, L21F
Sumber :
Staf Input/Edit : Alice Diniarti  
File : 1 file
Tanggal Input : 10 Mar 2021

Viroporin E SARS-CoV-2 telah diketahui memiliki potensi sebagai target antiviral. Efikasi dari antiviral tersebut akan bergantung dari variasi yang terdapat pada gen pengkode protein E. Namun, sampai saat ini, analisis variasi gen E SARS-CoV-2 di Indonesia masih belum banyak dilakukan. Oleh karena itu dalam penelitian ini dilakukan studi tentang analisis gen E dari SARSCoV- 2 isolat Indonesia. Studi analisis ini akan mencakup keberadaan mutasi, prediksi struktur protein E dan mempelajari kekerabatan gen E SARS-CoV-2 dari isolat Indonesia. Metode penelitian yang dilakukan adalah sebagai berikut; (a) pengumpulan sampel oro nasofaring swab (periode 1-15 september 2020) dari Laboratorium Kesehatan Provinsi Jawa Barat, (b) isolasi gen E SARS-CoV-2 melalui rangkaian ekstraksi RNA total, sintesis cDNA dan amplifikasi gen E, (c) penentuan keberadaan mutasi pada sekuens gen E melalui sanger-sekuensing, (d) prediksi struktur protein E dengan RaptorX, Swiss Model Expassy dan PyMol serta (e) pembuatan pohon filogenetik gen E berbasis Jukes Cantor, pemodelan Neighbour Joining (NJ) dan pengulangan sebesar 10.000 kali. Dalam penelitian ini telah berhasil dikumpulkan empat belas sampel positif SARS-CoV-2 dengan nilai CT < 25. Akan tetapi, dari total sampel tersebut hanya tiga sampel yang dapat dianalisis lebih lanjut dengan menggunakan metoda sanger-sekuencing. Hasil dari analisis tersebut menunjukan bahwa satu dari tiga sampel memiliki perbedaan basa terhadap sekuens referensi Wuhan NC_045512.2. Perbedaan tersebut terdapat pada C26305T yang menyebabkan perubahan residu L21F. Namun, analisis in silico menunjukan tidak teramatinya perbedaan struktur sekunder maupun tersier dari protein E dengan mutasi L21F (nilai RMSD 0.053Å). Studi kekerabatan menunjukan isolat yang memiliki L21F membentuk cluster dengan sampel SARS-CoV-2 dari berbagai negara di dunia yang juga memiliki mutasi L21F (bootstrap 63.15%). Dengan demikian dapat disimpulkan bahwa dalam penelitian ini ditemukan mutasi C26305T yang sebelumnya belum pernah dilaporkan dari sampel Indonesia. Penelitian lebih lanjut dibutuhkan untuk dapat merepresentasikan protein E dari SARS-Cov-2 di Indonesia.

Artikel Terkait