Perpustakaan Digital ITB

Penggunaan antibodi poliklonal berbasis Convalescent COVID-19 Plasma memiliki kelemahan seperti spesifisitas rendah, penurunan efikasi karena mutasi SARS-CoV-2, dan risiko reaksi imunogenisitas. Oleh karena itu, pendekatan sekuensing proteomik untuk penemuan antibodi monoklonal terapeutik yang spesifik dan memiliki afinitas tinggi semakin dikembangkan. Penelitian ini bertujuan untuk merekayasa secara komputasi Fv anti-RBD-SARS-CoV-2 berbasis sekuens IgA dari saliva dan plasma orang Indonesia pasca paparan COVID-19. Sampel saliva dan plasma orang Indonesia dengan 14-21 hari pasca paparan COVID-19 dipurifikasi menggunakan kromatografi afinitas (CaptureSelect™ IgA dan Ni-NTA) untuk isolasi IgA spesifik anti-S1-his rekombinan. Selanjutnya, komponen isolat IgA, heavy dan light chain, diisolasi dengan SDS-PAGE dan dikonfirmasi dengan Western Blot. Isolat heavy dan light chain diekstraksi dan dipecahkan dengan enzim tripsin dan kimotripsin lalu dilakukan sekuensing IgA dengan LC MS/MS. Selanjutnya, fragmen variabel (Fv) yang tersusun atas variabel heavy dan light chain (VH dan VL) dilakukan konstruksi dan kombinasi secara in silico berdasarkan hasil karaterisasi sekuensing IgA disertai coverage sekuens asal database/referensi sehingga menghasilkan pustaka Fv. Analisis struktur dengan Abodybuilder2, developability dengan TAP, dan molecular docking dengan HDOCK dan HADDOCK terhadap RBD-SARS-CoV-2 berbagai varian dilakukan untuk seleksi Pustaka Fv. Hasil studi ini menunjukkan bahwa terdapat 9 Fv potensial dari pustaka Fv yang secara empiris memiliki afinitas pengikatan yang kuat terhadap semua varian RBD-SARS-COV-2 yang diuji dengan nilai RMSD struktur model CDR dan Framework Fv kurang dari 0.5 Å dan nilai developability berada dalam batas keamanan terapi. Salah satu kandidat Fv terbaik (FVIGA0289) memiliki afinitas pengikatan (?G) terhadap varian Wuhan, alpha (B.1.1.7), beta (B.1.351), gamma (P.1), delta (B.1.617.2), dan omicron (XBB.1.5) berturut-turut -17.5, -16.3, -15.6, -16.6, -17.4, dan -17.6 kkal/mol. Kesimpulannya, rekayasa komputasi Fv anti-RBD-SARS-CoV-2 berbasis sekuens IgA dari sampel saliva dan plasma orang Indonesia pasca paparan COVID-19 berhasil menemukan kandidat Fv yang memiliki afinitas pengikatan yang kuat terhadap RBD-SARS-CoV-2 berbagai varian dengan prediksi struktur model dan developability yang baik.