Gangguan sedimentasi merupakan masalah lingkungan yang dapat merusak ekosistem pesisir. Sedimentasi yang telah terjadi di Teluk Ambon bagian dalam (TAD) dapat merusak ekosistem lamun sehingga dapat berdampak terhadap kerusakan komunitas lamun dan memengaruhi peran ekosistem lamun sebagai penyimpan karbon organik. Penelitian ini bertujuan untuk (1) menghitung laju sedimentasi di pesisir TAD; (2) menghitung simpanan karbon organik pada ekosistem lamun di TAD; (3) menganalisis hubungan laju sedimentasi tersebut dengan struktur komunitas; dan 4) menganalisis hubungan laju sedimentasi dengan simpanan karbon organik di TAD. Penelitian diawali dengan analisis vegetasi pada empat stasiun ekosistem lamun di pesisir TAD, selanjutnya dilakukan sampling sedimen dan tumbuhan lamun yang telah di data. Sampel lamun dan sedimen yang diperoleh diukur kadar karbon organik dengan menggunakan metode Walkley dan Black. Laju sedimentasi diukur pada keempat stasiun penelitian dengan menggunakan sediment trap. Disamping itu juga dilakukan pengukuran serapan karbon oleh lamun dengan metode penandaan daun dan biomassa akar. Data yang diperoleh selanjutnya dianalisis secara stastistik. Hasil penelitian menemukan terdapat lima spesies lamun pada keempat stasiun penelitian di TAD yaitu Enhalus acoroides, Thalassia hemprichii, Cymodocea rotundata, Halophyla minor, dan Halodule pinifolia. Hasil pengukuran kadar karbon organik menunjukkan bahwa simpanan karbon pada lamun berkisar antara 0,53-0,91 Mg C ha-1 sedangkan pada sedimen sebesar 5,56-10,51 Mg C ha-1. Laju sedimentasi yang terukur di ekosistem lamun TAD dengan menggunakan sediment trap sebesar 0,19-0,44 kg m-2 hari-1. Hasil analisis korelasi pearson menunjukkan terdapat hubungan yang kuat (R=0,723) antara kerapatan lamun Enhalus acoroides dengan laju sedimentasi namun laju sedimentasi tidak memiliki hubungan dengan kerapatan T. hemprichii (R=-0,079). Sedimentasi yang terjadi juga berpengaruh negatif terhadap keanekaragaman lamun di TAD dengan ditemukan bahwa pada stasiun dengan laju sedimentasi yang tinggi memiliki indeks keanekaragaman yang rendah. Sedimentasi yang terjadi tidak berpengaruh secara signifikan, namun cenderung bersifat negative (R=-0,266) terhadap simpanan karbon organik dalam sedimen di TAD. Penelitian ini juga menemukan bahwa sumber karbon
organik sedimen padang lamun lebih bersifat autochthonous karena umumnya didominasi oleh lamun yang berukuran besar. Hasil pengukuran serapan karbon menemukan jenis lamun E. acoroides memiliki kemampuan serapan yang lebih tinggi yaitu mencapai 2,56 g C m-2 hari-1 dibandingkan dengan T. hemprichii yaitu 1,06 g C m-2hari-1 serta organ akar dan rizoma merupakan kompartemen dengan penyimpanan karbon terbesar jika dibandingkan dengan bagian taruk.