Perpustakaan Digital ITB

Penyakit malaria pada manusia dapat disebabkan oleh Plasmodium falciparum, P. vivax, P. ovale, P. malariae, dan P. knowlesi. Umumnya, malaria akibat infeksi P. falciparum menyebabkan penyakit yang lebih parah dan fatal jika tidak diatasi. Metode diagnosis cepat dan tepat untuk mendeteksi parasit malaria akan sangat diperlukan. Diagnosis malaria secara umum dilakukan menggunakan teknik mikroskopi, rapid diagnostic test (RDT) serta Polymerase Chain Reaction (PCR). Melalui pemanfaatan informasi genom parasit malaria, pengukuran jumlah parasit malaria secara kuantitatif berbasis PCR (quantitative PCR/qPCR) dapat dikembangkan. Penelitian ini menggunakan DNA plasmid yang mengandung sisipan gen cytochrome c oxidase subunit I (coxI) yang telah diketahui konsentrasinya. Gen coxI digunakan dalam penelitian ini karena gen bersifat conserved dengan spesies Plasmodium lain serta memiliki jumlah salinan yang banyak. Metode ini dikembangkan sebagai alternatif metode diagnosis malaria yang ada saat ini yang diharapkan memiliki spesifisitas dan sensitivitas yang tinggi. Penelitian ini bertujuan merancang metode diagnosis malaria akibat infeksi P. falciparum dengan melakukan kuantifikasi parasit P. falciparum berbasis gen coxI mitokondria. Tahap pertama, dilakukan penentuan sekuens spesifik pada gen coxI mitokondria P. falciparum yang berbeda dari empat spesies lain dan dirancang pasangan primer untuk mengamplifikasi sekuens tersebut. Lalu, kurva standar konsentrasi plasmid rekombinan pUC57.coxI yang telah disisipi sekuens gen coxI mitokondria P. falciparum dibuat dengan serial dilution dari plasmid rekombinan dan dilakukan amplifikasi dengan metode qPCR menggunakan reporter SYBR Green I. Kemudian, hasil kuantifikasi sampel P. falciparum isolat lapangan A040, A076, B014, B034, A047, dan A077 dihitung jumlah copy number gen coxI parasitnya berdasarkan kurva standar DNA plasmid tersebut. Hasil pengolahan data menunjukkan persamaan kurva standar y = -3.3157x + 34.534 dengan nilai R²= 0,999. Metode ini dapat mendeteksi jumlah copy number gen coxI parasit dengan batas terendah 32,8 copy number/?L. Hasil perhitungan menunjukkan jumlah copy number gen coxI parasit pada sampel A040, A076, B014, B034, A047, dan A077 berurutan 162,666; 63,06; 12336,8; 21130,45; 20232,24; dan 118473 copy number/?L. Kesimpulan penelitian ini yaitu qPCR dan primer yang digunakan dalam penelitian ini dapat digunakan untuk mengkuantifikasi P. falciparum berbasis gen coxI mitokondria.