Pelabuhan Tanjung Priok Kota Jakarta merupakan pusat perlayaran dan pengiriman barang baik antar pulau di Indonesia maupun antar negara. Tingginya aktivitas di pelabuhan meningkatkan probabilitas terbentuknya bioaerosol dimana bakteri dapat tersuspensi di udara dan tersebar dari satu sumber ke tempat lain. Bakteri dalam bioaerosol ditemukan memiliki hubungan dengan penyakit infeksi maupun non-infeksi pada manusia sehingga mempengaruhi kualitas udara. Pada penelitian ini dilakukan analisis komunitas bakteri udara pada Pelabuhan Tanjung Priok Kota Jakarta untuk mengetahui jumlah dan keanekaragaman bakteri yang terdapat pada tempat tersebut. Pengambilan sampel udara dilakukan menggunakan membran filter durapore (0,5 mikron) yang kemudian digunakan untuk analisis dengan pendekatan culture-dependent dan culture-independent. Dilakukan pula pengukuran kondisi lingkungan, suhu, kelembaban relatif, arah dan kecepatan angin.Analisi dengan metode culture-dependent terdiri atas, pengukuran kelimpahan bakteri dengan metode angka lempeng total pada medium Nutrient Agar, Tryptic Soy Agar, dan Luria Bertani, dan penentuan keanekaragaman bakteri yang tumbuh pada ketiga jenis medium dengan proses ekuensing oleh Macrogen. Analisis dengan metode culture independent dilakukan dengan mengekstraksi DNA pada membran filter yang kemudian dilanjutkan dengan proses sekuensing menggunakan alat Oxford Nanopore Technologies MinION. Dilakukan pula pengukuran konsentrasi endotoksin pada sampel udara dengan menggunakan uji LALchromogenic (Limulus Amebocyte Lysate). Hasil penelitian menunjukkan, kelimpahan bakteri pada medium NA, TSA dan LB secara berturut-turut sebesar 2,50 x 107CFU/m3; 3,37 x 107 CFU/m3 ; dan 3,00 x 107 CFU/m3 pada siang hari. Sedangkan pada malam hari kelimpahan bakteri sebesar 7,40 x 106 CFU/m3 ; 1,06 x 107 CFU/m3 ; dan 8,80 x 106 CFU/m3. Keanekaragaman bakteri yang ditemukan dengan metode culture-dependentterdiri atas Bacillus subtilis yang termasuk dalam filum Firmicutes, Pseudomonas stutzeri yang termasuk dalam filum Proteobacteria, Kocuria palustris dan isoptericola nanjingensis yang termasuk dalam filum Actinobacteria. Sedangkan hasil analisis dengan metode culture-independent menunjukkan udara Pelabuhan Tanjung Priok Jakarta didominasi oleh filum Proteobacteria pada waktu siang dan malam hari. Spesies bakteri yang berpotensi patogen pada manusia ditemukan pula pada tempat pengambilan sampel. Pada waktu siang hari ditemukan spesies bakteri yang memiliki potensi patogen antara lain,Escherchia coli (38%), Salmonella enterica (4,9%), dan Shigella flexneri (1,4%) sedangkan pada malam hari ditemukanDelftia acidovorans (10%), Escherchia coli (4%) danDelftia lacutris (4,4%).Konsentrasi endotoksin pada udara Pelabuhan Tanjung Priok terdeteksi sebesar 17,97EU/m3 pada siang hari dan 35,19EU/m3 pada malam hari, sedangkan kosentrasi yang aman bagi kesehatan sebesar 30,00 EU/m3. Sehingga keanekaragaman bakteri dan konsentrasi endotoksin pada penelitian ini menunjukkan kualitas udara pada Pelabuhan Tanjung Priok Kota Jakarta memiliki potensi menyebabkan infeksi.