Perpustakaan Digital ITB

Infeksi Plasmodium falciparum mendominasi 62% dari total kasus malaria di Indonesia. Sebagai negara endemis malaria, penderita malaria a simtomatis masih menjadi tantangan dalam eliminasi malaria di Indonesia. Dengan sensitivitas yang lebih tinggi daripada metode mikroskopis dan RDT (rapid diagnostic test), quantitative polymerase chain reaction (qPCR) banyak digunakan untuk mendeteksi malaria a simtomatis. Gen 18S rRNA banyak digunakan sebagai standar pada metode qPCR karena memiliki jumlah salinan yang banyak dan memiliki daerah variable yang berbeda di setiap spesies. Meskipun sebagai negara endemis malaria, Indonesia masih bergantung pada kit qPCR yang dikembangkan di luar negeri sehingga perlu dikembangkan metode qPCR untuk dapat digunakan di Indonesia secara mandiri. Untuk itu, tujuan penelitian ini adalah mengembangkan metode qPCR menggunakan gen 18S rRNA Plasmodium falciparum (Pf18S rRNA) sebagai standar untuk menguantifikasi infeksi Plasmodium falciparum. Dengan menjajarkan sembilan gen 18S rRNA Plasmodium falciparum ,Plasmodium vivax, Plasmodium malariae, dan Plasmodium ovale, bagian gen Pf18S rRNA sebesar 105 pasang basa ditentukan sebagai standar untuk membuat kurva baku untuk menguantifikasi infeksi Plasmodium falciparum. Kurva baku dibuat menggunakan plasmid pUC57 yang memiliki bagian gen Pf18S rRNA dengan variasi dari konsentrasi 1 ng/?L sampai 10-8 ng/?L pada qPCR menggunakan SYBR Green I sebagai reporter. Setelah itu, kurva baku tersebut diuji dengan sampel lapangan dari penderita malaria simtomatis, yaitu sampel B204, B202, dan A219. Dari hasil penelitian diperoleh kurva baku dengan persamaan y = -3,4497x + 37,476 dan nilai R2 sebesar 0.9887. Efisiensi amplifikasi yang diperoleh adalah sebesar 94.93%. Dengan asumsi satu parasit sama dengan tiga salinan gen Pf18S rRNA, kurva baku tersebut dapat menghitung parasit sesedikit 1,1 parasit/?L. Sampel B204 dan B202 memiliki jumlah parasit sebesar 1.12 x 106 dan 8 x 105 parasit/?L. Dari penelitian ini diperoleh kondisi qPCR dan primer yang dapat mengamplifikasi bagian gen Pf18S rRNA yang menjadi standar pada metode qPCR.