Dampak perubahan iklim pada lingkungan laut seperti adanya kenaikan konsentrasi gas CO2 di atmosfer dan juga meningkatnya suhu permukaan laut (SPL) pada karang diantaranya adalah pengasaman laut dan pemutihan karang. Penelitian ini bertujuan untuk memperkirakan persentase tutupan karang dan waktu kejadian pemutihan karang di daerah Raja Ampat dan Wakatobi mulai dari tahun 2000 hingga 2100 dengan menggunakan model Coral Mortality and Bleaching Output (COMBO). Data yang digunakan adalah suhu permukaan laut per bulan tahun 2000 dari NOAA AVHRR, data persentase tutupan karang dari program COREMAP, suhu minimum, optimum dan maksimum dari pertumbuhan karang Porites sp.. Menggunakan skenario Intergovernmental Panel on Climate Change (IPCC) yang dibagi menjadi lima skenario yaitu B2_2, B2_3, A1B_2, A1B_3 dan A1FI_3.
Berdasarkan laporan dari International Coral Reef Initiative (ICRI) menyatakan bahwa telah terjadi kematian karang yang disebabkan oleh pemutihan karang pada tahun 2010, selain itu bedasarkan hasil monitoring satelit NOAA menyatakan bahwa pada tahun 2004 dan 2002 kondisi Raja Ampat dan Wakatobi berada pada kondisi bleaching watch. Hasil model COMBO diverifikasi dengan data berdasarkan ICRI dan NOAA dan didapatkan skenario yang lebih sesuai dengan kondisi di Raja Ampat adalah B2_3, A1B_3 dan A1FI_3 dan Wakatobi adalah B2_2 dan A1B_2.
Proyeksi persentase tutupan karang dari tahun 2016 hingga 2100 di Raja Ampat menggunakan skenario B2_3, A1B_3 dan A1FI_3 menyebabkan kematian karang pada tahun 2023, 2033 dan 2045 dengan persentase tutupan karang pada tahun 2100 sebesar 14,10%. Untuk prediksi tutupan karang di Wakatobi dari tahun 2016 hingga tahun 2100 kematian karang terjadi pada tahun 2025, 2035 dan 2049 dengan persentase tutupan karang pada tahun 2100 adalah 17,27%. Hasil prediksi dengan menggunakan model COMBO mendekati hasil penelitian sebelumnya yang menyatakan bahwa pada tahun 2030 dan 2050 akan terjadi penuruan tutupan karang di daerah segitiga karang (yang meliputi perairan Raja Ampat dan Wakatobi).
Kenaikan suhu permukaan laut dan konsentrasi CO2 menyebabkan aragonite saturation state (Ωarg) semakin kecil untuk daerah Raja Ampat nilai Ωarg pada tahun 2100 sebesar 2,43 sedangkan untuk Wakatobi adalah 2,85, menyebabkan pertumbuhan karang semakin menurun dengan berkurangnya nilai pertumbuhan maka dengan berjalannya waktu persentase tutupan karang akan semakin berkurang dengan persentase tutupan karang pada akhir tahun 2100 secara berturut-turut adalah14,10% dan 17,27%, tidak hanya itu pengaruh perubahan suhu permukaan laut yang ekstrim dapat menyebabkan pemutihan karang yang apabila berlangsung lama juga dapat menyebabkan kematian pada karang.