Posisi Indonesia yang terletak antara dua samudera menyebabkan iklimnya dipengaruhi oleh ENSO dan IOD. Salah satu variabel iklim yang paling penting di Indonesia adalah curah hujan. Curah hujan memiliki variasi yang tinggi terhadap ruang dan waktu, serta memengaruhi sektor-sektor penting, salah satunya pertanian. Informasi mengenai variasi curah hujan menjadi vital pada sektor ini. Pulau Jawa sebagai sentra padi Indonesia berperan penting dalam menjaga kestabilan pangan nasional. Keragaman curah hujan di Pulau Jawa berdampak pada ketahanan pangan, sehingga diperlukan upaya adaptasi yang efektif terhadap fenomena iklim yang memengaruhinya. Respon setiap wilayah terhadap fenomena iklim belum tentu sama.
Penelitian ini menggunakan metode korelasi parsial waktu sela untuk mempelajari hubungan antara ENSO dan IOD dengan curah hujan serta pertanian di Pulau Jawa pada periode Desember 1991 hingga November 2011. Dengan metode ini dapat tergambarkan hubungan antara ketiganya pada waktu-waktu yang berbeda. Nilai korelasi yang didapatkan mewakili wilayah-wilayah tertentu, sehingga dapat diketahui variasinya secara spasial.
Nilai korelasi menunjukkan bahwa terdapat hubungan yang lebih kuat antara curah hujan di Pulau Jawa dengan fenomena ENSO dibandingkan dengan fenomena IOD. Korelasi terkuat terjadi antara curah hujan September-Oktober-November dengan SST Nino 3.4 Juni-Juli-Agustus sebelumnya. Curah hujan berhubungan kuat dengan luas panen dan produktivitas padi. Efek dari ENSO dan IOD terasa pada kedua indikator tersebut, terutama di Jawa bagian tengah hingga timur.