Tumbuhan Phyllanthus niruri L. memiliki banyak kegunaan dalam pengobatan berbagai penyakit. Di masyarakat tumbuhan ini biasanya digunakan sebagai obat tradisional. Kandungan metabolit sekunder yang rendah dalam tumbuhan P. niruri menjadi kendala dalam penggunaan dan pengembangan tumbuhan ini. Oleh karena itu perlu dilakukan usaha untuk meningkatkan kandungan dan keseragaman metabolit sekundernya. Penelitian ini dilakukan untuk melihat metabolit sekunder dari kultur sel P. niruri. Kultur jaringan digunakan sebagai metode untuk menghasilkan kalus. Kalus yang terbentuk kemudian diinfeksi dengan menggunakan Agrobacterium rhizogenes ATCC 15834. Kandungan metabolit sekunder dari kalus, kalus hasil infeksi dengan A. rhizogenes dan tumbuhan asli selanjutnya dianalisis. Ekstraksi dilakukan dengan menggunakan metanol kemudian ekstrak dipekatkan dan dilarutkan lagi dengan menggunakan diklorometan. Lapisan diklorometan digunakan untuk analisis menggunakan kromatografi lapis tipis (KLT). Terdapat perbedaan pola KLT dari tumbuhan asli, kalus dan kalus hasil infeksi A. rhizogenes dari P. niruri. Hasil spektrofotodensitometer menunjukkan terjadi peningkatan kadar pada salah satu kandungan metabolit sekunder.