Perpustakaan Digital ITB

Eksplorasi produk alami dari mikroba menjadi salah satu pendekatan penting dalam penemuan antibiotik baru untuk mengatasi masalah resistensi antimikroba (AMR) yang kian mengancam kesehatan global. AMR terjadi ketika mikroorganisme berevolusi dan menjadi resistan terhadap obat-obatan yang biasa digunakan, seperti antibiotik, yang mengakibatkan penyebaran penyakit yang luas dan peningkatan angka kematian. Tingkat AMR yang terus meningkat serta minimnya penemuan kelas antibiotik baru sejak tahun 1987 telah menciptakan urgensi untuk mencari agen antimikroba baru. Salah satu sumber potensial adalah mikroorganisme yang hidup di lingkungan ekstrem, seperti danau air asin Gili Meno (Lombok) dengan salinitas 54.00 ± 0.82 ppt, karena adanya produksi metabolit sekunder unik sebagai respons adaptasi. Penelitian ini bertujuan untuk mengisolasi dan mengidentifikasi mikroba dari Danau air asin Gili Meno yang menjadi habitat mikroorganisme halofilik, dan mengeksplorasi potensi kemampuan produksi antimikroba mereka melalui analisis klaster gen biosintetik (BGC). Sampel air dan sedimen danau diambil, kemudian mikroba yang terkandung diisolasi dan kemampuan aktivitas antimikrobanya diuji terhadap patogen model Gram negatif Escherichia coli dan positif Bacillus subtilis menggunakan uji tantang double layer agar. Spesies dari isolat aktif diidentifikasi melalui sekuensing DNA pengkode 16S rRNA. Kemudian, genome mining dilakukan menggunakan perangkat lunak AntiSMASH dari data whole genome yang tersedia dari spesies yang teridentifikasi di pusat data publik untuk mengidentifikasi BGC yang berpotensi menghasilkan antibiotik baru. Visualisasi struktur 2D dari produk akhir yang diprediksi juga dilakukan. Berdasarkan hasil penelitian, 40 isolat mikroba berhasil diisolasi dengan 11 di antaranya menunjukkan aktivitas antimikroba. Dari 11 isolat tersebut, dua spesies berhasil diidentifikasi berdasarkan hasil sekuensing DNA pengkode 16S rRNA, yaitu Bacillus paralicheniformis dan Priestia megaterium. Analisis genome mining pada isolat-isolat tersebut menunjukkan adanya dua BGC yang potensial, yaitu klaster yang mirip Paeninodin dan Amyloliquecidin GF610. Prediksi struktur 2D dari produk akhir BGC tersebut mengidentifikasi senyawa Paeninodin B, PamA1, dan PamA2, yang menjadi titik awal untuk penelitian lanjut dalam pengembangan senyawa antimikroba baru.