Perpustakaan Digital ITB

Penyakit ice-ice merupakan penyakit pada rumput laut yang disebabkan oleh kombinasi faktor lingkungan dan infeksi bakteri oportunistik. Hingga kini, penelitian terkait karakterisasi genom dan prediksi metabolit sekunder dari bakteri yang terasosiasi dengan penyakit ice-ice, khususnya pada Perairan Batu Nampar di Indonesia masih terbatas. Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan untuk merakit genom, menentukan karakteristik genom, serta memprediksi klaster gen biosintetik metabolit sekunder pada bakteri yang diisolasi dari rumput laut Kappaphycus striatus terjangkit penyakit ice-ice di perairan Batu Nampar, Lombok, Nusa Tenggara Barat. Isolat bakteri ditumbuhkan pada media Zobell Marine Broth, kemudian dilakukan isolasi DNA total dan oxford nanopore sequencing . Kualitas hasil bacaan sekuensing dianalisis, kemudian dilakukan filtering untuk memperoleh bacaan dengan distribusi kualitas dan panjang yang lebih merata. Hasil bacaan yang telah disaring digunakan untuk merakit genom secara de novo. Evaluasi kualitas hasil perakitan genom menunjukkan bahwa genom memiliki persentase keutuhan 99,92% dan kontaminasi 0,41%, sehingga tergolong sebagai high-quality draft. Berdasarkan perhitungan nilai Average Nucleotide Identity (ANI), digital DNA-DNA Hybridization (dDDH), serta hasil konstruksi pohon filogenetik, isolat teridentifikasi sebagai Chromohalobacter israelensis . Hasil karakterisasi menunjukkan bahwa genom C. israelensis isolat Batu Nampar berukuran 3.546.898 bp dengan kandungan GC sebanyak 63,9%. Hasil anotasi fungsional genom, termasuk kategori cluster of orthologous group (COG) divisualisasikan dalam peta genom. Analisis lebih lanjut pada genom berhasil memprediksi keberadaan 14 genomic islands dan 3 klaster gen biosintetik metabolit sekunder, yaitu ektoin, siderofor, dan aril poliena. Ektoin merupakan osmolit yang berpotensi dimanfaatkan sebagai bahan baku industri. Siderofor merupakan senyawa pengkelat besi, yang dapat berperan sebagai faktor virulensi pada bakteri melalui mekanisme akuisisi besi. Sementara itu, aril poliena merupakan senyawa pigmen yang memiliki potensi di bidang industri, sekaligus dapat berperan sebagai faktor virulensi bakteri melalui mekanisme pembentukan biofilm.