Perpustakaan Digital ITB

Organohalida, terutama senyawa yang mengandung klor, bersifat toksik dan persisten di lingkungan. Bioremediasi merupakan upaya untuk mendegradasi limbah organohalida, yaitu penggunaan organisme yang menghasilkan haloacid dehalogenase untuk memutuskan ikatan kovalen antara karbon dan halogen pada senyawa asam alifatik terhalogenasi. Berdasarkan mekanismenya, haloacid dehalogenase dikelompokkan menjadi dua, yaitu DehI dan DehII. Penelitian sebelumnya telah berhasil mengisolasi gen bcfd1, yaitu haloacid dehalogenase dari Bacillus cereus IndB1. Gen ini juga sudah berhasil disubkloning ke dalam vektor ekspresi pET-30(a) dan diekspresi dalam Eschericia coli BL21 (DE3). Penelitian ini, mempelajari kemiripan urutan asam amino Bcfd1 dengan DehI dan DehII, keberadaan residu katalitik khas DehI dan DehII, struktur sekunder Bcfd1, dan kemiripan struktur Bcfd1 dengan DehI dan DehII. Hasil yang diperoleh menunjukkan bahwa Bcfd1 merupakan DehII. Interaksi Bcfd1 dengan substrat asam 2-(mono,di, tri)- kloroasetat, asam 2-(D,L)-kloropropanoat, serta asam 3-(mono,di, tri)-kloropropanoat dipelajari dengan molecular docking. Skor docking Bcfd1 terhadap asam L-2- kloropropanoat lebih rendah dibandingkan terhadap D-2-kloropropanoat, menandakan bahwa afinitas Bcfd1 lebih baik terhadap substrat L-2-kloropropanoat. Molecular docking terhadap asam 2-(mono,di, tri)-kloroasetat serta asam 3-(mono,di, tri)-kloropropanoat menunjukkan bahwa semakin banyak jumlah atom klor dalam substrat, kompleks Bcfd1- substrat semakin stabil. Hal ini diduga karena gugus klor dapat membentuk interaksi van der Waals dengan residu Gly35, Arg36, Asn228, dan Asn230 pada kantung katalitik Bcfd1. Molecular docking terhadap asam L-2-kloropropanoat dan asam 3-kloropropanoat menunjukkan bahwa Bcfd1 memiliki afinitas lebih tinggi terhadap substrat dengan gugus klor terikat pada posisi alpha.