Perpustakaan Digital ITB

Lipase dari bakteri Burkholderia cepacia merupakan enzim yang digunakan industri migas untuk memproduksi biodisel. Pada proses produksi dibutuhkan lipase yang stabil dan memiliki tingkat toleransi yang cukup lebar terhadap pelarut yang mengandung metanol. Salah satu pendekatan untuk meningkatkan stabilitas lipase terhadap metanol adalah dengan menambahkan larutan kompatibel yang dapat memproteksi efek metanol terhadap konformasi lipase. Ektoin yang dihasilkan oleh bakteri halofilik merupakan larutan kompatibel yang sudah banyak dimanfaatkan. Hasil studi sebelumnya memperlihatkan bahwa ektoin mampu menjaga stabilitas lipase dalam sistem kopelarut metanol-air. Namun belum diketahui bagaimana mekanisme proteksi ektoin terhadap lipase dalam mengatasi gangguan metanol tersebut. Simulasi dinamika molekul merupakan metode komputasi yang dapat merepresentasikan interaksi molekul atom dalam jangka waktu tertentu. Pada penelitian ini akan dipelajari mekanisme proteksi ektoin dalam sistem kopelarut metanol-air pada tingkat atom dengan pendekatan simulasi dinamika molekul menggunakan program GROMACS. Simulasi telah dilakukan pada temperatur 300 K dengan berbagai variasi konsentrasi ektoin dan metanol selama 150 ns. Menggunakan analisa jari-jari girasi, distribusi fungsi radial, dan pengamatan struktur sekunder ektoin terbukti dapat mengurangi efek gangguan metanol terhadap konformasi lipase dengan kondisi optimum ektoin 25 mM dan metanol 40% v/v.