Perpustakaan Digital ITB

Dehalogenase merupakan salah satu enzim kelas hidrolase yang memiliki peran penting dalam degradasi berbagai senyawa xenobiotik organohalida di alam. Salah satu sub-kelas dehalogenase adalah haloacid dehalogenase, yakni dehalogenase yang memotong ikatan karbon-halida pada asam haloalkanoat. Studi terhadap beberapa bakteri membuktikan bahwa sebagian besar bakteri tanah genus Pseudomonas memiliki kemungkinan untuk membawa gen pengkode haloacid dehalogenase. Penelitian ini difokuskan untuk mencari gen pengkode haloacid dehalogenase dari Pseudomonas putida KT2440. Pseudomonas putida KT2440 merupakan bakteri Gram-negatif yang tidak lagi memiliki plasmid TOL dan merupakan strain bakteri yang disertifikasi oleh Recombinant DNA Advisory Committee sebagai strain yang aman untuk dilepas ke lingkungan. Studi gen dilakukan dengan menggunakan database yang tersedia di NCBI. Analisis dan pengolahan data dilakukan dengan berbagai perangkat lunak meliputi GROMACS, VMD, R Studio, Python 3 dan server online seperti Zhang-server. Skrining gen haloacid dehalogenase dalam genome Pseudomonas putida KT2440 dilakukan menggunakan NCBI CD-Blast menggunakan pola L-2-haloacid dehalogenase dari 8 bakteri, menghasilkan 5 gen yang memiliki motif serupa L-2-haloacid dehalogenase. Hasil pemodelan 3D dengan Zhang-server terhadap kelima protein tersebut dipelajari menggunakan pensejajaran struktur dan studi komparatif terhadap L-2-haloacid dehalogenase bakteri lain. Studi ini menghasilkan 3 gen putatif yang mengkode molekul protain dengan struktur yang sangat mirip dengan L-2-haloacid dehalogenase, namun analisis menggunakan COFACTOR hanya menghasilkan 2 gen. Studi molecular docking dan simulasi dinamika molekul selama 40 ns dilakukan untuk melihat afinitas kedua enzim putatif haloacid dehalogenase tersebut terhadap substrat asam L-2-kloropropanoat, asam D-2-kloropropanoat, dan asam 3- kloropropanoat dengan asam 2-kloroetanoat sebagai kontrol positif dan kloropirifos sebagai kontrol negatif. Hasil percobaan menunjukkan bahwa hanya satu gen yang kemungkinan besar mengkode haloacid dehalogenase dari Pseudomonas putida KT2440.