Perpustakaan Digital ITB

BaqA merupakan ?-amilase yang dihasilkan dari Bacillus aquimaris MKSC 6.2. serta diketahui dapat mendegradasi butir pati mentah. Model struktur tersier BaqA tidak memiliki domain pengikat pati yang umum ditemukan dalam enzim-enzim pendegradasi butir pati. Pada BaqA, residu yang berperan dalam sisi aktif BaqA adalah triad katalitik (Asp246, Arg247, dan Asp248) pada domain A. Selain itu, BaqA juga memiliki 2 sisi pengikatan substrat yaitu dan dua residu triptofan bersebelahan (Trp201 dan Trp202) pada domain A serta residu ‘penjepit gula’ (Tyr400) pada domain C. Pada penelitian ini, digunakan BaqA?C, yaitu BaqA telah mengalami pemotongan ujung C untuk meningkatkan aktivitas hidrolisis terhadap pati terlarut. Tujuan dari penelitian ini ialah mempelajari peran Tyr400 pada situs penjepit gula melalui kajian mutasi in silico dengan varian BaqA?C Y400W dan BaqA?C Y400S. Analisis in silico dilakukan dengan metode molecular docking dan molecular dynamics (MD) untuk melihat pengaruh mutasi pada Tyr400 BaqA?C. Nilai docking yang didapat dari molecular docking tidak menunjukkan perbedaan yang signifikan, namun simulasi molecular dynamics menunjukkan bahwa Tyr400 pada BaqA?C mempertahankan interaksi dengan analog substrat akarbosa jauh lebih lama daripada Ser400 dan Trp400 berturut-turut pada BaqA?C Y400S dan BaqA?C Y400W. Karena itu, diketahui bahwa Tyr400 berperan dalam mempertahankan afinitas sisi penjepit gula terhadap substrat. Substitusi Tyr400 menjadi residu triptofan dan serin keduanya menurunkan stabilitas protein sehingga ada kemungkinan bahwa residu Tyr400 juga penting dalam menjaga kestabilan protein. Selain Tyr400, Glu401 juga diduga turut berkontribusi dalam menahan substrat pada sisi ‘penjepit gula’ melalui ikatan hidrogen